纤维蛋白原及 受体相互作用的结构域的预测及其分子模建.pdfVIP

纤维蛋白原及其受体相互作用的结构域的预测及分子模建。 杨洁姚佳杨建波冷瑶王小梅赵澎 南京大学生命医药生物技术国家重点实验室，南京210093，中国 【摘要】：纤维蛋白原受体拮抗荆是当前抗血小板聚集药物研究的重要领域。利用同 源模建方法构建纤维蛋白原受体的结构，并在序列比对和分子模建的基础上，推测并 确定纤维蛋白原及其受体相互作用的结构域；将纤维蛋白原受体的结构域作为双杂 交系统中的x融合到DB上，纤维蛋白原的结构域作为Y融合到AD上，利用㈨ 隆栽体，分别进行杂交融合蛋白的基因克隆和表逸，进一步验证纤雏蛋白原及其受体 相互作用的结构域的准确性；再利用舍生长表型相反的uRA3报告基因的酵母株 Mvl03(由美国】。hIls 蛋白原厦其受体相互作用的结构域的准确性；并利用该酵母反双杂交系统检测纤维 蛋白原受体拮抗剂的抑制活性。本项目采用了先进的药物研究方法，研究内容涉震 到当前生命科学的前沿领域(包括高通量筛选、基因工程等)，研究目的是建立起一套 完整的高通量药物筛选系统，希望获得具有抗血小板聚集活性的纤维蛋白原受体拮 抗剂。 【关键词】：纤维蛋白原受体拮抗荆，结构域，分子模建，酵母反双杂交系统 一、前 言 随着人类基因组研究计划的开展，特别是后基因组时代的到来，对人和病毒基因组的基因 序列和功能的信息已经取得了爆炸性进展，这为治疗某些疾病的药物提供了大量的靶标。伴 随组合化学而来的是数量极其庞大的小分子化合物库的诞生，这急需高通量、快速、灵敏而有 效的筛选方法的出现。一系列新技术、新方法和新概念应运而生，酵母双杂交技术就是其中的 一员。它是利用蛋白一蛋白的相互作用为靶俸在细胞水平上来筛选活性小分子的高通量筛选 相互作用导致AD与DB空间上的接近，从而激活报告基因的转录及表达。反双杂交系统与酵 母双杂交系统相似，只是报告基因生长表型相反。因此，采用与某种疾病相关的一对能相互作 用的蛋白作为x和Y，就能运用反双杂交系统进行分子筛选。此时，若小分子有活性，就能抑 制x与Y的相互作用，报告基因不被转录，细胞能够正常生长；反之，细胞不能生长。You喀等 *本课题为国家自然科学基金资助项目(项目批准号：301710舛) 采用N型钙离子通道亚基间的相互作用的反双杂交系统对一个化合物库进行了系统的筛选， 获得了一个较好的抑制N型钙离子通道的活性小分子，并有可能发展成为一类新型的、有潜 在治疗意义的钙离子通道拮抗剂。本项目旨在在蛋白一蛋白相互作用的基础上，将纤维蛋白 原及其受体的结构域作为反双杂交系统中的x和Y，进而可以检测纤维蛋白原受体拮抗剂的 抑制活性。 纤维蛋白原受体拮抗剂是当前抗血小板聚集药物研究的重要领域。纤维蛋白原通过其受 体(糖蛋白GPⅡh，Ⅲa)结合于激活的血小板上，是血小板聚集的最后一步。GPⅡb，Ⅲa是血小 板聚集和粘附因子，在血小板中仅以钙离子依赖性异二聚体的形式存在，而GPⅡb，Ⅲa的表达 是所有激动剂引起血小板聚集的最终共同途径。在内皮损伤处，它与一些粘附蛋白(如vwF、 纤维蛋白原、纤连蛋白、玻连蛋白等)结合，导致血小板聚集和血栓形成。GPⅡb，Ⅲa之所以能 够与这些不同的粘附蛋白结合是由于它具有识别RGD肽序的结合位点。x射线晶体结构显 示，纤维蛋白原是一个对称性的多聚分子，各含两条a，0和7链；它与GPⅡb，Ⅲa的结合位点 存在竞争。而且，不论血小板激活程度如何，能阻滞纤维蛋白原与GPⅡb／Ⅲa结合的药物就能 消除血管损伤或粥样硬化斑破裂所致的血栓形成。由于GPⅡb，Ⅲa是血小板表面唯一最丰富 的糖蛋白，因此它可能成为药物发挥阻滞作用的极佳靶标。 在此，我们首先在序列比对和分子模建的基础上，推测并确定纤维蛋白原及其受体相互作 验证纤维蛋白原及其受体相互作用的结构域的准确性；再利用酵母反双杂交系统构建纤维蛋 白原受体拮抗剂的药物筛选模型。本项目采用了先进的药物研究方法，研究内容涉及到当前 生命科学的前沿领域(包括高通量筛选、基因工程等)，研究目的是建立起一套完整的高通量药 物筛选系统，希望获得具有抗血小板聚集活性的纤维蛋白原受体拮抗剂。 二、序列比对及同源模建 039个和l048个氨 002201．1)的氨基酸序列来自GemBaIlk和SwIss一职OT数据库，分别由1 据库(PDB 有较高的同源性(5