甲型流感病毒HA基因的简单重复序列分布分析.pdfVIP

第9卷 第 1期 生 物 信 息 学 Vol_9No．1 2011年 2月 ChinaJournalofBioinfc’rmatics Mar．，2011 doi：10．3969／j．issn．1672—5565．2011．01．014 甲型流感病毒 HA基 因的简单重复序列分布分析 彭 军 ，谭钟扬 ，蔡立军 ，易丽萍，赵相艳 湖南大学，湖南 长沙 410082 摘 要：以GenBank公开的甲型流感病毒亚型的血凝素 hemagglutinin，HA 核苷酸序列为材料，从简单重复序列 simplese— queneerepeat，SSR 分布的分析角度出发，分析 了来 自于亚洲、非洲、北美洲、南美洲、欧洲、大洋洲的49个地 区的76株 甲流 病毒的HA片段。分析表明：所分析序列的SSRs的分布都很相似，其中单碱基重复的相对丰度值和相对密度值均高于其它五 种碱基重复的相对丰度值和相对密度值；甲流病毒HA片段的SSRs与HIV一1钊基因中的SSRs相 比，前者的相对丰度值和 相对密度值高于后者。这些结果表明甲流病毒基因中的SSRs可能与 甲流病毒的快速变异相关。 关键词：甲型流感；简单重复序列；血凝素 中图分类号：R371．13 文献标识码 ：A 文章编号：1672—5565 2100 一01—054—06 DistributionalanalysisofSSRsinhemagglutininsequencesofinfluenzaA viruses ’ PENGJun，TANZhong—yang ，CAILi-jun，YIli—ping，ZHAOXiang—yan HunanUniversity，Changsha410082，China Abstract：Weundertookasurveyof：thesimplesequencerepeats SSRs intheHAsequenceswhichconsistedin theinfluenZaA virusgenomesandretrievedfrom GenBank．DistributionofSSRswasexaminedin76HA sequences whichcamerfom 49dif_ferentcountriesordistrictsoverAsia、Africa、NorthAmerica、SouthAmericaand Oceania． Ourresultsindicatedthat，thedistributionofSSRsinthesequencesofHA washighlysimilar，butmononucleotide repeatswashigherthantheotherfivetypesofnucleotiderepeatsonrelativeabundanceandrelativedensity．Com— paredwiththeHIV 一1【 boththerelativeabundanceandrelativedensityofSSRsinHA sequencesofinfluenza ， A viurseswerehigher．Theresultssuggested thatSSRsinHA sequencesseemed tobeassociatedwith therapid variationoftheinfluenzaA viur ses． Keywords：influenzaviursA；simplesequencerepeat；hemagglutinin 流感病毒 influenzaviurs 属正粘液病毒科，流 织统计，截止到 2010年 2月，全球 200多个 国家和 感病毒属，包括 甲、乙、丙三型，甲型抗原变异性最 地区共发现40多万例确诊病例，其 中已造成至少 强，感染人类和其他动物，引起 中、重度疾病，侵袭所 14711人死亡。我国31个省份累计报告 甲型H1N1 有年龄组人群，经常引起世界性大流行。甲流基因 流感确诊病例 12．7万例，其中死亡病例793例。研 组含有8个 RNA片段，其基因组的血凝素 HA 由 究发现，甲型流感病毒HA基因极易发生点突变，其 RNA第 4区段编码 ，全长 1742～1778nt，是 甲型流 机制涉及核苷酸序列中碱基的漂移和转换，最终导 感病毒的主要抗原基因。HA抗原具有免疫原性 ， 致编码蛋白氨基酸序列改变 。 能使人体产生保护性抗体_1；但其容易变异是流感 简 单 重 复序 列 simplesequencerepeats， 流行的主要原因之一。2009年 2月 ，甲型 H1N1流 SSRs ，也称微卫星序列 micro