高通量测序技术及其在农业科学研究中应用.pdfVIP

中国生物工程杂志　ＣｈｉｎａＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，２０１２，３２（１）：１０９１１４ 高通量测序技术及其应用 １，２ ３ １ １ ２ 王兴春 　杨致荣 　王　敏 　李　玮 　李生才 （１山西农业大学生命科学学院　太谷　０３０８０１　２山西农业大学农学院　太谷　０３０８０１） （３山西农业大学文理学院　太谷　０３０８０１） 摘要　高通量测序技术是ＤＮＡ测序发展历程的一个里程碑，它为现代生命科学研究提供了前所 未有的机遇。详细介绍了以４５４、Ｓｏｌｅｘａ和ＳＯＬｉＤ为代表的第二代高通量测序技术，以ＨｅｌｉＳｃｏｐｅ ＴＩＲＭ和ＰａｃｉｆｉｃＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓＳＭＲＴ为代表的单分子测序技术，以及最近 ＬｉｆｅＳｃｉｅｎｃｅ公司推出的 ＩｏｎＰｅｒｓｏｎａｌＧｅｎｏｍｅＭａｃｈｉｎｅ（ＰＧＭ）测序技术等高通量测序技术的最新进展。在此基础上，阐述 了高通量测序技术在基因组测序、转录组测序、基因表达调控、转录因子结合位点的检测以及甲 基化等研究领域的应用。最后，讨论了高通量测序技术在成本和后续数据分析等方面存在的问 题及其未来的发展前景。 关键词　高通量测序　深度测序　下一代测序　基因组测序　转录组测序 中图分类号　Ｑ３ 　　作为最重要的分子生物学分析方法之一，ＤＮＡ测 命科学研究中的应用，以期使科研工作者尽早地了解 序不仅为遗传信息的揭示和基因表达调控等基础生物 该技术，并将其更好地应用到科研工作中。 学研究提供重要数据，而且在基因诊断和基因治疗等 １　高通量测序技术及其发展现状 应用研究中也发挥着重要的作用。随着科学的发展， 传统的Ｓａｎｇｅｒ测序技术的局限性日益突出。一方面， 　　高通量测序技术堪称测序技术发展历程的一个里 该技术依赖于毛细管电泳，不但费时，而且测序反应数 程碑，该技术可以对数百万个 ＤＮＡ分子进行同时测 也受到限制（目前常用的ＡＢＩ３７３０测序仪每次只能分 序。这使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全 析９６个样品）；另一方面，该技术基于酶法测序，成本 貌的分析成为可能，因此也称其为深度测序（ｄｅｅｐ 较高。自２００５年以来，以 Ｒｏｃｈｅ公司的４５４技术、 ［２］ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ） 或下一代测序技术 （ｎｅｘｔｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ Ｉｌｌｕｍｉｎａ公司的Ｓｏｌｅｘａ技术和ＡＢＩ公司的ＳＯＬｉＤ技术 ［３］ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ，ＮＧＳ） 。目前，所说的高通量测序技术主 为标志的高通量测序技术相继诞生。虽然高通量测序 要是指４５４ＬｉｆｅＳｃｉｅｎｃｅｓ公司、ＡＢＩ公司和Ｉｌｌｕｍｉｎａ公 技术建立的时间不长，但发展非常快。已经应用于基 ＴＭ 司推出的第二代测序技术以及 ＨｅｌｉｃｏｓＨｅｌｉｓｃｏｐｅ 和 因组，包括测序和表观基因组学以及功能基因组学研 ＰａｃｉｆｉｃＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ推出的单分子测序技术。 ［１］ 究的许多方面 。高通量测序技术已经将人们带到了 １．１　第二代测序技术 真正的高通量测序时代，这些技术必将在生命科学领 　　２００５年，４５４ＬｉｆｅＳｃｉｅｎｃｅｓ公司（现已被Ｒｏｃｈｅ公司 域