大骨节病软骨线粒体相关差异表达基因的特征及其通路分析.pdfVIP

表达及其通路，以从基因转录水平探讨大骨节病的 形态学、翻译后修复、细胞死亡、DNA复制等，其中 分子发病机制，为推进大骨节病的病因发病机制研 以细胞死亡相关的线粒体表达基因最多(33个基 究提供科学依据。 因)；经IPA通路分析获4个显著标准通路(尸l酽， l材料与方法 依据“大骨节病诊断标准”收集自愿同意捐赠 的大骨节病Io一Ⅱo患者和正常对照的软骨组织，按 年龄、性别及病情程度匹配分为4组，经体外软骨 大，为15／172，表明线粒体相关基因占该通路基因 细胞培养并提取mRNA。荧光标记后采用Agilent 公司Human1A22K基因芯片对4组mRNA进行总数的8．7％。 杂交。图像扫描和数据采集分析后获得大骨节病软 袭2IPA分析所碍大骨节病软骨线粒体相关基因的 骨全基因组芯片数据并行归一化处理。采用定量实 5个显著生物功能 时反转录聚合酶链反应(Quantitativereal—time，RT— PCR)验证芯片检测的可靠性。依据人类线粒体相关 基因[-]建立大骨节病软骨线粒体相关基因数据库。 应用P—value单基因分析和IPA(ingenuitypathways analysis—M吼ingenuity．corn)多基因分析法筛选大骨 节病软骨线粒体相关基因并分析其功能通路。 2结果 2．1大骨节病软骨全基因组约有35％的表达转录。 表3 IPA分析所得大骨节病软骨线粒体相关基因的 获10 818个有效基因表达数据，经初筛并qRT— 4个显著标准通路 PCR验证结果显示．8个目的基因表达趋势均与基 因芯片检测结果相一致。 2．2依据线粒体相关基因的基因名称及ID筛选出 705个基因作为大骨节病软骨线粒体相关基因的数 据库。 2．3单基因分析结果：采用P-value分析后获得显 著性上调差异表达的基因9个(P-value0．05)，主 要涉及细胞凋亡、代谢、细胞骨架与运动以及信号 注：Ratio比值表示线粒体相关基因在该通路所有基因中所占 转导等功能(表1)。 的比例 2．4 IPA多基因分析结果：经IPA功能分析，获53讨论 个显著的生物功能(P10巧，表2)，主要涉及细胞 以本课题组最近观察到大骨节病软骨中线粒 表l大骨节病软骨中显著上调的线粒体相关基因 ·13· Human1A22K 号转导通路异常。结合既往大骨节病线粒体损伤的 体功能障碍(2】为基础。应用Agilent 基因芯片检测证实大骨节病软骨中线粒体差异表 病理学等观察结果。表明软骨细胞线粒体功能紊乱 达基因显著不同于正常人．其主要特征表现为：线 与大骨节病的发生发展紧密相关，值得深入研究。 粒体凋亡相关基因BAKl、APAFl和CASP6显著上 参 考 文 献 调．提示线粒体功能紊乱在大骨节病软骨损伤过程 中有重要的作用：线粒体代谢相关基因ACTA2、1 BaiX，Wu human J，ZhangQ，eta1．Third-generation mitochondria-focuscdeDNA anditSbioinformatictools IDH2和LDHA显著上调。由于LDHA属于丙酮酸 mi