_萝卜EST+资源的SSR+信息分析及EST-SSRs+标记开发.pdfVIP

园 艺 学 报 2012 ，39 （7 ）：1303 –1312 http: // www. ahs. ac. cn Acta Horticulturae Sinica E-mail: yuanyixuebao@126.com 萝卜EST 资源的SSR 信息分析及EST-SSRs 标 记开发 * 崔 娜，邱 杨，李锡香 ，沈 镝，王海平，宋江萍 （中国农业科学院蔬菜花卉研究所，农业部蔬菜作物基因资源与种质创制北京科学观测实验站，北京 100081 ） 摘 要：从 NCBI 数据库下载了 287 349 条萝卜 EST 序列，经预处理后得到无冗余 EST 序列 58 105 条，全长 38 622.476 kb 。利用MISA 搜索 SSR 位点，得到含有 SSR 位点的 EST 序列 3 523 条，共 3 718 个 SSR，平均每 10.39 kb 就出现 1 个 SSR。分析发现萝卜EST 序列中存在 265 种重复基元类型，其中二、 三、六核苷酸重复是主导的