构建系统发生树的研究方案.pdfVIP

匝圆景黜龄……州嘲…例 学术论坛 构建系统发生树的研究方案 白淑洁’ 王学芹2 321 02) (1梅河口市建设局吉林梅河口135000；2吉林航空工程学校吉林吉林1 摘要：系统发生树的构建是生物信息学研究和进化研究的一个重要方面。一个可幸的系统发生的推断，将揭示出有关生物进化过程的 顺序，有助于我们了解生物进化的历史和进化机制。 关键词：序列出对分子进化树 8 中图分类号：TP3 文献标识码：A 文章编号：1672--3791(2009)07(a)一0240—01 在计算机生物学中，序列比对是最重要 的原始操作，是许多其他更复杂的操作的基 置开始找出下一个位置，这个位置必须可 其中dij’足物种i和j之间的变换后距 础。同样，也是本论文后面将讨论的构建分 以产生当前位置的得分。这条路径就代表 离，dD’是外部参考物种与全体内部能够之 子进化树的基础。粗略地讲，序列比对包括 着两条序列间的最优比对(当然，有时也不 问的平均距离。 发现序列的类同与序列的不同两方面。然而 只一条路径)。 (3)利用此变换式求出所有物种变换 在浅显简单的概念背后存在着各种不同的 要把路径转换成序列比对，仅需要回 后的距离并天如距离矩阵中。 问题，它们形式也不同，有时需要使用完全 忆一下当初打分矩阵的解释。一个纵向的 2．3无权简约法 不同的数据结构和算法以达到有效的求解。 移动表示在横轴加入一个空位，一个横向 如果一个内部节点的两个直接后代节 移动表示在纵轴加入一个空位。而斜对角 点上的核苷酸集的交集非宅，那么这个接 1序列比对 的移动表示两序列当前位点的核苷酸进行 点的最可能的候选核苷酸集就是这个交 1．1全局比对 了一次比对。根据这种方法就得到了两条 集；否则为它的两个后代节点上核苷酸集 在介绍全局比对前，首先要介绍以下 序列全局比对的最优比对。 的并集。 空位罚分。 1．2局部比对 当一个并集成为一个节点的核苷酸集 在含有空位的比对打分时，空位锶分 算法： 时，通向该节点的分支的某个位置上必定发 就必须包含到打分函数中。空位比对的简 (1)局部比对的初始化是将表格的第生一个核苷酸替换。因此，并集中核苷酸的 单打分公式如下： 一行和第一列全都设为零。 数目也是发生外部节点上的核苷酸的最小 (2)当填写部分打分表是，要引入第4种替换数，外部节点从它们的共同的祖先出 r空伎罚分l当scqli*’’或seq2i一’ 选择：给表中的得分小于零的位置填上零。 发，通过这些替换，形成当前的核管酸状态。 0l‘匹配得分l当非空位且seqli=seq2i 其公式为： ‘ L必醚得分；当非空位且seqii≠seq2i 0 3结语 r 但是，如果一个序列中有多个空位，而 J V(i-I，j-lp6(s【i】，T【j