基于功能模块的基因表达谱聚类分析.pdfVIP

第34卷第2期 同济大学学报(自然科学版) V01．34№．2 2006年2月 J顸瓜NAI，0FTONGJIU}qⅣERSITY(NAn瓜AI，ScIENCE) Feb．2006 基于功能模块的基因表达谱聚类分析 郭 政1，2一，张田文3，王琦1，王海芸1，2 (1．哈尔滨医科大学生物信息学系，黑龙江哈尔滨150086；2．同济大学生命科学与技术学院，上海200092； 3．哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院，黑龙江哈尔滨 150001) 摘要：按Geneont0109y基因功能分类体系，将基因模块化地组织成具有显著生物意义的低维功能模块单元，并将 其作为新的分析指标用于分类微阵列疾病样本，从而提出了基于功能表达谱的聚类分析新途径．采用NCl60数据 集，通过功能表达谱对组织样本进行聚类分析．结果显示，新算法不但得到高准确度的样本分型结果，而且能够直 接从功能水平上给出相应的生物学解释．同时，用基于功能表达谱对组织样本进行聚类分析可以显著降低特征维 数，有效地处理高检测误差与基因表达变异问题． 关键词：基因表达谱；功能表达谱；基因功能分类体系；聚类 文献标识码：A 中图分类号：Q344．13；TP391．4 OfGene PrOfiIeSBasedonFunctiOnalModuIes ClusteringExpression GUo乃e昭1，2¨，2H4^rG‰7z讹723，W4八『GQ1，W4^『G胁枷721’2 ofBioi山衄tics，№rbinMedical (1．De阳r缸nent Umversity，胁bin150086，C11im； 2．SchcDlofBiolQgyScienceand Tecbnology，T0n西iU11iversity，Shangllai200092，CKm； 3．schoolof InStitute 150001，Chim) Ccmput口Sder】oeal】d氏hn010盯，№rbinof氏hn010秽，强曲in Abstract：Traditionalof is measurement clusteringanalysisgeneexpressionprofileschallengedbyhigh of Of noise，curSe and coherencein dimensionalitylacking biolOgical expres— sion isObtained the ontolow— prOfiles(FEP)，whichbyorgallizingoriginalgeneSexpreSsionprofiles functional aSnew dimension modules indexeStoclustermi— using(琵neOnt0109y，isproposedanalysis disease inournovelmethOdtotacklewiththeabove the croarrays锄ples