计算生物学中的高性能计算（Ⅱ）—序列分析.pdfVIP

CN43—1258／TP 计算机工程与科学 第 37卷第 1期 2015年 1月 ISSN 1007—130X ComputerEngineering＆ Science Vol_37．No．1．Jan．2o15 文章编号 ：1007—130X(2015)01-0007—07 计算生物学中的高性能计算 (Ⅱ)一序列分析 王 涛 (上海超级计算 中心 ，上海 2O1203) 摘 要 ：序列分析是高性能计算应用的一个重要方向。随着高通量测序技术的发展，基 因数据呈现爆 炸性增长 ，对高性能计算的需求也更加迫切。介绍了高性能计算在序列分析 中的应用和序列分析算法的 并行实现 ，包括序列比对、检 索、重测序、拼接等。 关键词 ：高性能计算应用；计算生物 学；序列分析 中图分类号：Q811．4；TP301 文献标志码：A doi：10．3969／．issn．1007—130X．2015．01．002 T T ● ■ n J ● ● J J ● ■ H lgn Dert0rm anCe C0m Dutln~ ln com DUtatl0naI biology(II)一sequenceanalysis W ANG Tao Abstract：Sequence analysisisan importantdomain ofhigh performance computing applications． W iththedevelopmentofhigh—throughputsequencingtechnique，thereisan explosivegrowthingenome data，andthedemand forhigh performancecomputing becomesmore urgent．Thepaperintroducesthe applicationsofhighperformancecomputinginsequenceanalysisandparallelimplementationofsequence analysisalgorithms，includingsequencealignment，databasesearch，resequencing，andgenomeassembly． Keywords：highperformancecomputingapplication；computation biologysequenceanalysis GPU、MIC等)和大规模并行架构处理大规模数据 1 引言 等 。近年来 ，随着高通量测序技术 的进步，在短时 问内(几个小时)以很小 的代价 (几千美元)对百万 生物学中的计算应用包括序列分析 (生物信息 量级的基因片段进行测序 已成为可能，测序分析已 学)、全原子模拟 (分子动力学和量子力学计算)、生 成为生物实验室 的常规手段。因此 ，如何采用先进 物网络 (系统生物学)等。在过去的几十年里 ，计算 的计算算法和计算硬件以减少计算分析时间，处理 生物学已经发展成为一门成熟 的学科 。生物信息 超大规模的数据 ，已成为生物信息学领域 的重要挑 的爆炸性增长、生物过程 中相互作用 的复杂性、分 战。本文将主要介绍高性能计算在序列分析中的 子级别生物组织的多样性和关联性等都需要人们 应用和序列分析算法 的并行实现，包括序列 比对、 使用高性能并行计算机、网格计算以及其它最新 的