新一代测序技术的发展现状.pdfVIP

新一代测序技术的发展现状 一、我们将如何应对海量的基因信息 新一代测序技术带给人们大量遗传信息的同时，却成为限制其广泛应用的一个 障碍。 1980 年，英国生物化学家Frederick Sanger 与美国生物化学家Walter Gilbert 建立 了DNA 测序技术并获得诺贝尔化学奖，至今已有近三十年了。在这三十年，DNA 测序技术取得了令人瞩目的进展。目前已进入市场的循环阵列测序平台采用的是 与 Sanger 生物化学测序方法完全不同的原理。在过去几年，应用极为广泛的毛 细管电泳测序法采用的则是多线并行阵列格式，它运用尖端的荧光成像技术进行 碱基识别。上述各类新技术为生物学研究领域开辟了新的视角，也使实验研究达 到一个新的水平。学界对开发这类新技术的兴趣持续高涨，与此同时，人们却发 现这些技术存在一定的不足——大量信息数据的产生限制了技术更加广泛的应 用，并降低了其市场价值。 过去，研究人员使用Applied Biosystems （ABI ）公司的3730XL 毛细管电泳测序 仪进行基因分析，每年至多能完成六千万碱基的测序量。随着测序技术日新月异 的发展，这种情况已经成为历史。在2005 年刚刚开始进行新一代测序技术开发 时，Roche 公司和454 公司联合开发的焦磷酸测序仪的分析速度就已经达到了上 述提及的 ABI 仪器速度的50 倍之上。也就是从那时起，因基因数据过多而产生 的问题凸显了出来，而且这个问题随着其他制造商开发出更多更快的测序仪而愈 加严重。举个例子，ABI 的新一代测序平台 SOLiD （supported oligonucleotide ligation and detection ）单次运行，便可以分析6Gb 的碱基序列；而Roche/454 测 序仪单次运行可以将上述结果转换成12-15 个千兆字节（gigabytes ）的数据信息； Illumina Genome Analyzer （GAII ）测序系统仅在两个小时的运行时间里，就得到 10 兆兆字节（terabytes ）的信息。尽管对于像Applied Biosystems 这样的制造商 而言，可以为用户提供高达11.25TB 的存储量，但对于多数实验室所具有的信息 管理系统来说，规模如此庞大的数据信息，就好像是迎面而来的洪水，让人感到 难以控制。 过量信息所带来的一个副作用在于，用户无法将初始图像数据进行分类存档，而 必须交给相关公司，利用软件对数据进行读取，然后才能对数据进行保存。对于 大多数研究人员来说，像这样在每次实验后对原始数据进行处理的方式既繁琐又 不经济。与花费上万美元对每一段序列进行备份分析相比，对每一次测序结果进 行重新测定显然是一个更简单、更便宜的选择。测序仪制造商称，对原始数据再 次进行分析并不能得到更多新的信息。但是，对于454 测序仪而言，用户至少可 以通过更新的软件从原始数据得到质量更高的序列，从而提高碱基识别分辨率， 减少误差。 除数据处理问题之外，研究人员还需要拥有一个足够强大的计算机平台，以便将 来自多个测序技术的短小基因片段进行组合，形成基因组外显子。目前问题在 于，测序仪生产商仅仅提供用于某些特定基因信息分析的软件，如靶标重测序、 基因表达分析、染色质免疫沉淀反应或基因组从头测序等，而并未提供任何其它 类型的下游生物学信息分析软件。研究界越来越熟悉这些测序平台对循证生物学 的巨大潜力，这也就产生了新的研究问题以及全新类型的试验方法，而这单凭依 赖目前的生物学信息是无法满足的。 从这个角度看，SOLiD 软件研发公司（/gf/ ）于今年 七月刚刚兼并了两个新的软件公司，这一举动无疑朝正确的方向迈进了一步。该 公司在开放源码许可证下开发软件分析工具，目的就是为了给生物信息学领域提 供支持，并为其开发新的算法。 对用户而言，如果能够将数据格式与不同测序平台获得的结果进行比较所得的统 计数字进行标准化，无疑具有重大的意义。特别是由于目前以测序平台为核心的 市场竞争激烈，因此每个生产商都努力提供最好的数据结果。 在这样的大环境下，对数据及不同产品的比较结果进行标准化，便显得尤为重 要。有一个方法可以更好地对不同的新一代测序技术进行比较，那就是建立一个 微阵列定性分析小组（Microarray Quality Control consortium ），不仅可以对不同 的技术结果进行比较，而且还可以将新技术结果与DNA 微阵列或定量PCR 进行 比较。 综合以上各类因素，可以预见的是，新一代测序平台在近几年内，仍然会