一种检测microRNA表达的微阵列芯片的研制及应用_骆明勇.pdfVIP

ResearchPapers 研究报告 生物化学与生物物理进展 ProgressinBiochemistryandBiophysics 2007,34(1):31~41 一种检测microRNA表达的 微阵列芯片的研制及应用* 1,2) 6) 6) 1,3)** 2)** 1,3,4,5) 骆明勇 田志刚 徐 智 张 亮 王应雄 程 京 1) 2) 3) (生物芯片北京国家工程研究中心，北京102206；重庆医科大学公共卫生学院，重庆400016；博奥生物有限公司，北京102206； 4) 5) 6) 清华大学医学系统生物学研究中心，北京100084；清华大学生物科学与技术系，北京100084； 北京大学第三医院，北京100083) 摘要 MicroRNA(miRNA)是一组内源性的非编码RNA，主要功能是采用降解靶mRNA和抑制靶mRNA的翻译两种作用方 式调控基因的表达.研究表明miRNA与动植物的发育、细胞生长分化和凋亡、脂肪代谢以及人类重大疾病密切相关.检测特 定状态下的组织或细胞的miRNA表达谱对深入研究miRNA的生物学功能具有重要的意义.研制出了一种检测miRNA表达 的微阵列芯片，实验结果显示该芯片具有良好的重复性、灵敏度和特异性.利用这个芯片检测了人脑、肝脏和心脏等组织以 及HeLa、HepG2和HL60等细胞株的miRNA表达谱，聚类分析结果显示，miRNA表达模式具有组织特异性，不同个体的 同一组织的miRNA表达谱可以聚类在一起.最后，用RT-PCR(reversetranscription-PCR)技术检测了不同组织和细胞株中 miR-122a、miR-9和miR-124a的表达，结果显示它们分别在肝脏或脑组织中特异高表达，和芯片结果一致. 关键词 microRNA，微阵列，聚类分析，RT-PCR 学科分类号 Q75 MicroRNA(miRNA)是一组生物体基因组编码 的调节分子，在肿瘤的发生过程中起到一个调控的 的内源的非编码小RNA(non-codingsmallRNA)， 枢纽作用，已经有专家预测，把miRNA作为肿瘤 成熟的miRNA长度 19～25nt，它们广泛存在于病 生物治疗的靶分子将比编码基因作为靶分子更加有 [10] 毒、植物、到高等哺乳动物中.在哺乳动物细胞中， 效 .目前人基因组DNA编码的miRNA已经确定 大多数miRNA是由基因间DNA序列编码，也有 的有300多个，预计人基因组编码的miRNA超过 部分miRNA是由位于基因内含子的DNA序列编 1000个.为了深入研究这些miRNA的功能，首先 码.编码miRNA的基因组序列在RNA聚合酶 作 需要我们能够准确、快捷地检测miRNA在不同组 Ⅱ 用下产生原始miRNA转录本(primarytranscripts， 织、不同发育阶段以及各种生理状态下的表达 pri-miRNA).pri-miRNA在细胞核内被一种称为 情况. “Drosha”的RNA内切酶 处理，产生60～70nt 目前研究miRNA表达的方法有克隆测序、 Ⅲ 的miRNA前体(pre-miRNA)，miRNA前体从细胞 RNA印迹以及RNA酶保护分析(RNaseprotection 核转运到细胞质中，然后在细胞质被称为Dicer的 assay，RPA).近来通过设计茎