Clustalx多序列比对-生物信息学.docVIP

实验三：多条序列比对——Clustalx 实习目的：了解掌握Clustalx软件的应用，学会做多条序列比对并分析。 实习内容： 一、ClustalX的使用 Clustal是一种利用渐近法（progressive alignment）进行多条序列比对的软件。即从多条序列中最相似（距离最近）的两条序列开始比对，按照各个序列在进化树上的位置，由近及远的将其它序列依次加入到最终的比对结果。 准备要比对的序列 请查找至少存在于5个物种中的同源序列（核酸或蛋白质皆可），并保存为fasta格式，存为文本文件（所有的序列请粘贴到同一个文本文件中）。选择NM、XM或NP打头的序列，不要选择NC或NW打头的序列，那是全基因组序列。 建议关键词：hemoglobin，trypsin, peroxidase, p53, Superoxide Dismutase, h5n1, etc.）Clustalx产生的guide tree(即后缀为dnd文件)，可以通过treeview软件浏览。 解压缩并安装treev32.rar文件。双击后缀为dnd文件，选择treeview程序打开即可。 作业： Clustalx是多条序列比对软件，为什么需要设置两条序列比对的参数？ 答：Clustal是一种利用渐近法（progressive alignment）进行多条序列比对的软件。即从多条序列中最相似（距离最近）的两条序列开始比对，按照各个序列在进化树上的位置，由近及远的将其它序列依次加入到最终的比对结果，既是采用两两比较后再继续进行比较的方法，所以，需要设置两条序列比对的参数。 利用entrez或srs搜索来自于不同物种的同源序列(othologs)，利用clustalX进行比对，给出所选序列简要信息（fasta格式第一行），比对所用的参数，比对过程中产生的guide tree（dnd文件）,并分析比对结果（序列之间相似度关系，保守位点所在位置等）。 答：简要信息： gigb|AF349413.3| Danio rerio estrogen receptor beta b mRNA, complete cds gi|145308317|gb|EF530592.1| Paramisgurnus dabryanus estrogen receptor beta mRNA, partial cds gigb|AY305027.1| Halichoeres tenuispinis estrogen receptor beta mRNA, complete cds gi|2073112|dbj|AB003356.1| Anguilla japonica mRNA for estrogen receptor, complete cds giref|NW_925528.1| Homo sapiens chromosome 14 genomic contig, alternate assembly (based on Celera), whole genome shotgun sequence giemb|AJ314602.1| Candidia barbatus mRNA for putative estrogen receptor gidbj|AB190290.1| Rutilus rutilus ERb mRNA for estrogen receptor beta, complete cds 比对所用参数： Guide tree: 比对结果见附表1： 附表1： Candidia TATCACTATGGTGTCTGGTCATGTG---AGGGATGCAAGGCT---------TTTTTCAAA Rutilus TATCACTATGGTGTCTGGTCATGTG---AGGGGTGCAAGGCT---------TTCTTCAAA Danio TATCACTATGGTGTCTGGTCATGTG---AAGGGTGCAAGGCT---------TTCTTCAAG Paramisgurnus TATCACTACGGGGTGTGGTCATGCG---AGGGGTGCAAGGCT---------TTCTTCAAA Halichoeres TATCACTACGGTGTGTGGTCCTGCG---AGGGCTGTAAAGCA---------TTTTTCAAG Anguilla TATCACTACGGGGTGTGGTCCTGCG---AAGGCTGCAAGGCC------