39种菊花地ISSR分析.docVIP

39个栽培菊花品种遗传多样性的ISSR分析 1 材料与方法 1.1材料 试验材料取自河北农业大学标本园的39种栽培菊花，其中大菊23种，切花菊 12种，小菊 4种，取顶端的新叶用于DNA的提取。 1.2 方法 1.2.1提取DNA 用改良CTAB法（Kobayashi et al. 1998）提取DNA，并用分光光度法检验DNA的纯度和浓度。并稀释到 70ng·μL-1。 1.2.2 ISSR反应体系 总体积20μl：DNA40ng，引物 0.5μmol/L,NTP 75μmol/L, 镁离子 1.5mmol/L,Taq 1.5u PCR反应条件：”PCR 仪上进行扩增。94℃ 5 分钟94℃ 30 秒，5℃ 30 秒，72℃ (40 cycles)，72℃ 5 分钟，产物 4℃保存。1.5%琼脂糖 编号 品种名称 花茎类型 花色 瓣型 D1 日本白 切花菊 白 平瓣 D2 迎春 大菊 黄 平瓣 D3 东黄 切花菊 黄 平瓣 D4 红风车 小菊 红 平瓣 D5 夏菊 切花菊 黄 平瓣 D6 六月红 小菊 红 平瓣 D7 晚霞飞舞 大菊 黄 平瓣 D8 粉莲 大菊 粉 平瓣 D9 粉风车 小菊 粉 匙瓣 D10 川绿新黄 大菊 黄 管瓣 D11 太平银月 大菊 白 管瓣 D12 东方红 大菊 红 平瓣 D13 金碧辉煌 大菊 黄 平瓣 D14 银荷 大菊 白 管瓣 D15 墨荷 大菊 紫 平瓣 D16 渔舟歌晚 大菊 黄 匙瓣 D17 秋白菊 切花菊 白 平瓣 D18 黄旗 大菊 黄 匙瓣 D19 26号 小菊 黄 平瓣 D20 绿宝 切花菊 绿 管瓣 D21 千手观音 大菊 白 管瓣 D22 金鸡报晓 大菊 黄 管瓣 D23 绿丝绦 大菊 绿 平瓣 D24 切一 切花菊 白 平瓣 D25 西山红日 大菊 红 平瓣 D26 蝶舞草 大菊 粉 平瓣 D27 银背黄荷 大菊 黄 平瓣 D28 绿朝云 大菊 绿 平瓣 D29 黄乒乓 小菊 黄 平瓣 D30 切二 切花菊 黄 平瓣 D31 太平黄鹤 大菊 黄 平瓣 D32 山月之光 切花菊 白 管瓣 D33 胭脂凝翠 大菊 红 平瓣 D34 9号 大菊 黄 管瓣 D35 五一黄 切花菊 黄 平瓣 D36 一枝浓艳 大菊 粉 平瓣 D37 切三 切花菊 黄 平瓣 D38 4号 切花菊 黄 平瓣 D39 优香 切花菊 白 平瓣 2 结果与分析 2.1 ISSR扩增结果 随机选取2个品种的DNA对75条ISSR引物进行了筛选，选择7条带型清晰、多态性较好的引物对39个菊花品种进行扩增。共扩增出60个ISSR条带，其中多态性带56条，多态性比率高达93.3%。 表2 大菊品种遗传关系分析的ISSR引物及其扩增结果 引物名称 引物序列 扩增条带数 多态性条带数 多态性比例 818 （CA）8G 8 8 100% 848-2 （CA）8GG 10 9 90% 842-2 （GA）8TG 8 7 87.5% 849-1 （GT）5TG（GT）2TA 9 9 100% Issi-9 （AG）8AC 9 8 88.9% Issi-10 （AG）8TA 9 8 88.9% Issi-11 （AG）8TT 7 7 100% 每个引物扩增的ISSR条带数在7～10条之间，平均每条引物能扩增出8.5条多态性条带，其中引物848-2最多扩增出9条多态性条带。 2.2 ISSR遗传多样性分析 用POPgen32软件对个位点的有效等位基因数(Ne)和Nei’s基因多样性指数(He)及 Shannon信息指数进行计算，结果表明，39个菊花品种平均有效等位基因数为1.6014，平均Nei’s基因多样性指数为0.3455，平均Shannon信息指数为0.5172。各位点遗传多样性程度也存在较大差别，Nei’s基因多样性指数最大值为0.6928，最小值为0;Shannon信息指数最大值为0.6928，最小值为0，说明所选的菊花品种间存在丰富的遗传变异，这也是菊花具有极其丰富品种的分子基础。 2.3聚类分析 用NTSYS软件，以39个菊花品种和60个位点的谱带数据为原始矩阵，共获得760个两两不同品种间的遗传相似系数，相似系数最大者为0.8833(D7与D8)，最小者为0.3333(D5与D28)。以0.630为阂值可以把39个菊花品种分为4个组(图1)。 第I组包含了2个品种日本白和东方红，两种都为平瓣;第Ⅱ组包含9个品种分别为D2迎春、D4黄风车、D5夏黄、D10川绿新黄、D11太平银月、D6六月红、D31太平黄鹤、D9粉风车、D22金鸡报晓，其中在阂值为0.80处D4和D5首先和为一组，它们都开黄色平瓣的花，然后在阈