DNAMAN_的使用方法1.doc

第五章 DNAMAN 的使用方法 DNAMAN是一种常用的核酸序列分析软件。由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA序列分析工具。本文以DNAMAN 5.2.9 Demo version为例，简单介绍其使用方法。 打开DNAMAN，可以看到如下界面： 第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，如下所示： 第二栏为工具栏：如下所示： 第三栏为浏览器栏：如下所示： 在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel工具条，DNAMAN提供20个Channel，如左所示： 点击Channel工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。每个Channel可以装入一个序列。将要分析的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入Channel中可以节约存取序列时间，加快分析速度。此版本DNAMAN提供自动载入功能，用户只需激活某个Channel，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的　　　　　　　　Channel中。 本文以具体使用DNAMAN的过程为例来说明如何使用DNAMAN分析序列。 1．将待分析序列装入Channel （１）通过File|Open命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。（初始为 channel1）可以通过激活不同的channel(例如：channel5)来改变序列默认装入的Channel。 （２）通过Sequence|Load Sequence菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel。 如果只想分析序列的一部分，或者给待分析的序列添加批注，点击激活该序列所在的Channel，通过Sequence|Current Sequence|Analysis Defination命令打开一个对话框，如下所示： 对话框选项说明如下： Name 序列名称 Circular DNA 环形DNA Start pos 待分析序列起点 End pos 待分析序列终点 根据需要，可以设定上述选项的内容，如果要分析整个序列，可以点击按钮，如果当前序列不是DNA，则可点击按钮，如果要添加或修改批注，可以使用（添加），（移除），和（清除全部）三个按钮进行操作。如果要检查序列的正确性，可以点击按钮，则弹出如下对话框： 设定阅读速度后，点击按钮，软件将按顺序语音读出序列，方便检查。 2． 以不同形式显示序列 通过Sequence|Display Sequence命令打开对话框，如下图所示： 根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。对话框选项说明如下： Sequence Composition 显示序列和成分 Reverse Complement Sequence 显示待分析序列的反向互补序列 Reverse Sequence 显示待分析序列的反向序列 Complement Sequence 显示待分析序列的互补序列 Double Stranded Sequence 显示待分析序列的双链序列 RNA Sequence 显示待分析序列的对应RNA序列 Annotations 批注 Include 显示内容中包含批注 Lowercase 显示内容中包含批注（小写字母形式） Only 显示内容中仅包含批注 Exclude 显示内容中不包含批注 3．DNA序列的限制性酶切位点分析 将待分析的序列装入Channel，点击要分析的Channel，然后通过Restriction|Analysis命令打开对话框，如下所示： 参数说明如下： Results 分析结果显示 其中包括： Show summary（显示概要） Show sites on sequence（在结果中显示酶切位点） Draw restriction map（显示限制性酶切图）Draw restriction pattern（显示限制性酶切模式图）Ignore enzymes with more than（忽略切点多于设定的切点个数的酶） Ignore enzymes with less than（忽略切点少于设定的切点个数的酶） Target DNA （目标DNA特性） circular（环型DNA），d