SNP分析命令.docVIP

E:\ cd e: E:\ E:\ cd plink-1 E:\plink-1plink –file test Map 更新 Plink --sheep --file data --update-map position.txt --recode --out data1 Chrnew.txt -- update-chr --recode --out data2 Position: SNP code and position Chrnew：SNP code and Chr. 2．SNP merge Plink --file data1 --merge data2.ped data2.map --recode --out merge 3．提取SNP位点 Plink --file data --extract 50kSNP.txt --recode --out data1 50kSNP.txt: 50k中的 4. Quality control Call rate 98%/99% Plink --file sheep --geno 0.02 --recode --out sheepgeno Plink --file sheepgeno --mind 0.01 --recode --out sheepmind MAF0.05 Plink --file sheepmind --maf 0.05 --recode --out sheepmaf Hardy-Weinberg equilibrium 0.0001 Plink --file sheepmaf --hwe 0.0001 --recode --out sheephwe Exclude the SNP markers with either chromosome or both unknown Plink --sheep --file sheephwe --extract 4newsnp.txt --recode --out sheep4 Note: 制作4newsnp.txt（包含base-pair position 都为0的SNP） To identify sample duplication or half-sibs or closer Plink –sheep –file sheep4 –genome –max 0.85 Note：Check the genome file 5. LD quality control P–sheep --file sheep4 –indep-pairwise 100 25 0.2 –out sheepld0.2 Plink --sheep --file sheep4 --indep-pairwise 100 25 0.05 --out sheepld0.05 Plink --file sheep4 --ld-window-r2 0.2 --out sheepldr0.2 输出结果为 data prunein data prune out (质控时，要去除 将data prune in 转化为pedmap Plink --sheep --file 114hwe --extract 114sheep0.05.prune.in --recode --out sheepforpca 6. PCA- PCA的三个文件： Plink --sheep --file data(文件 --extract data (LD).prune.in --recode --out sheepforpca 1sheepforpca.ped 改为5.ped 2sheepforpca.map 改为5.pedsnp 3将sheepforpca 制作成二进制文件b plink --file hapmap1 --make-bed --out hapmap1 结果为ped文件的前，b.farm 改名为pedind Note: 5.pedind 文件中将第六列-9familyID. 参数文件 Gtypename: 5.ped Snp name: 5.pedsnp Indivame: 5.pedind Evecoutname: 5.pca.evec Evaloutname: 5.eval Altnormstyle: NO Numoutevec: 3 Numoutlieriter: 5 Numoutlierevec: 10 Outlier sigmathresh: 6.0 Qt mode: NO 将上述文件拷贝到eigensoft/bin 内 命令 C EIG5.