aⅡbb3同源模拟与环形RGD药物小分子设计.pdfVIP

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2015-09-20 发布于安徽
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aⅡbb3同源模拟与环形RGD药物小分子设计.pdf

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生物工程学报 Chin J Biotech 2008, February 25; 24(2): 297-301 Chinese Journal of Biotechnology ISSN 1000-3061 cjb@ © 2008 Institute of Microbiology, CAS CSM, All rights reserved 研究报告 αⅡ β RGD b 3 1,2 1,2 1,2,3 罗明艳 , 陈梅宗 , 李任植 1 , 300071 2 , 300457 3 , 300071 : 血小板表面的整合蛋白α Ⅱ β 对血栓的形成具有很重要的调控作用, α Ⅱ β 与纤维蛋白原上的RGD特征序列结合, b 3 b 3 促进血小板凝集进而形成血栓。这样可以在理论上设计一个环形RGD 小分子(RGD-c)与α Ⅱ β 蛋白结合, 阻断其与纤维蛋 b 3 白原的结合位点, 进而阻断血栓形成。以糖蛋白α β (pdb 代码 1jv2)作为模板, 利用modeller8v2 软件进行同源模拟得到 v 3 α Ⅱ β 三维模型。而小分子则以RGD序列为主, 两边各加一个氨基酸X 、Y, X和Y之间用一个二硫键相连, 通过改变X和 b 3 Y, 重复优化过程则可得到不同的小分子模型, 将其与α Ⅱ β 进行分子对接, 可以找出比较理想的XY组合, 对治疗血栓 b 3 的药物设计具有重要的理论指导作用 : α β , 同源模拟, 对接, RGD-c, MM αb 3 αⅡ β Modeling Simulation and Oesign of the Cyclic RGD b 3 1 1 1,2,3 Mingyan Luo , Meizong Chen and Imshik Lee 1 College of Physics, Nankai University, Tianjin 300071, China 2 TEDA Applied Physics S