一株鸭源H4N6亚型禽流感病毒AduckShanghaiY202006的全基因组序列测定及遗传演化分析.pdfVIP

江苏农业学报(Jiangsu．，．ofAgr．Sci．)，2012，28(4)：815～822 815 杨德全，葛菲菲，刘 健 ，等．一株鸭源H4N6亚型禽流感病毒A／duck／Shanghai／Y20／2006的全基因组序列测定及遗传演化分 析 [J]．江苏农业学报，2012，28(4)：815—822． 一 株 鸭源 H4N6亚型禽流感病毒 A／duck／Shanghai／ Y20／2006的全基 因组序列测定及遗传演化分析 杨德全， 葛菲菲， 刘 健， 鞠厚斌， 王 建， 刘佩红， 周锦萍 (上海市动物疫病预防控制中心 ，上海 201103) 摘要 ： 为了解鸭源 H4N6亚型禽流感病毒 A／duck／Shanghai／Y20／2006(DK／SH／Y20／06)的来源、特征及其 分子演化规律 ，进一步丰富水禽流感病毒的基因库，对该病毒 8个基因片段分别进行了扩增和序列测定，利用分 子生物学软件对测序结果进行序列分析，并与 GenBank登录的相关病毒进行了遗传演化分析。结果表 明， DK／SH／Y20／06的HA基因切割位点附近的氨基酸序列(PEKASR GLF)符合低致病力 AIV的特征 ，其分子遗传 演化关系属于欧亚分支；NA基 因与 A／mallard／Yanchem／2005(H4N6)在 同一分支 内，核苷酸序列 同源性为 98．3％ ；而 PB2、PB1、NP、PA基 因与 目前 在 国内流行 的 H6亚型禽流感病毒关 系密切；M 基 因与 A／environment／Korea／CSM05／2004(H3NI)处于同一分支；而NS基因与A／wildduck／Korea／YS44／2004(H1N2) 同源性最高。且DK／SH／Y20／06的8个基因与美洲 H4N6亚型 AIV分离株均不处在 同一遗传进化分支上，相互 之间遗传关系较远 。可见 ，DK／SH／Y20／06可能是由H4N6、H6N2、H6N5、H3N1和 HlN2等不同亚型来源的基因 在鸭体内经过复杂重组演变的一株重组病毒 。 关键词： 鸭源禽流感病毒；H4N6亚型；全基因组序列；遗传演化分析；基因重组 中图分类号： $858．322．65 文献标识码：A 文章编号： 1000．4440(2012)04-0815-08 Genomesequencingandgeneticevolution analysisofentiregenomeofan A／duck／Shanghai／Y20／2006(H4N6)avianinfluenzavirus YANGDe—quan， GEFei—fei， LIUJian， JU Hou-bin， WANGJian， LIU Pei-hong， ZHOUJin—ping (ShanghaiAnimalDiseaseControlCenter，Shanghai201103，China) Abstract： Toinvestigatetheorigin，characteristicsandmolecularevolutionofduck—derivedH4N6subtypeavianin— fluenzavirus(AIV)A／duck／Shanghai／Y20／2006(abbreviatedtoDK／SH／Y20／06)andenrichtheepidemiologicdataof waterfowloriginAIV，theentiregenomeofDK／SH／Y20／06wasamplifiedandsubjectedtogenomesequencing．Themo— lecularsoftwraewasusedforsequenceanalysisandphylogenetictreeconsturctionofDK／SH／Y20／06withsomeotherrefer· encesequencesinGenBank．TheresuhsindicatedthattheaminoacidmotifofHAgenecleavagesitewasPEKASR GLF， whichwasthetypicalcharacterizationofthelowpathogenicavianinfluenzaviurs(LPAIV)．Thephylog