全基因组预测目标基因的新方法及其应用.pdfVIP

遗 传 HEREDITAS (Beijing) 28(10): 1299~1305, 2006 技术与方法 全基因组预测目标基因的新方法及其应用 1 2 1 1 张菁晶 , 冯 晶 , 朱英国 , 李阳生 (1. 武汉大学生命科学院植物发育生物学教育部重点实验室, 武汉 430072; 2. 武汉大学高科技研究与发展中心, 武汉 430072) 摘 要: 运用隐马尔可夫模型, 利用Perl 编程, 以几种模式生物的蛋白质数据库为基础, 构建了目标基因的全基因组 预测的新方法。该方法具有高通量, 准确度高且操作简易等优点, 特别在多结构域蛋白家族预测上更显优势。应用 该方法对几种模式生物的全基因组 PPR 和 TPR 蛋白家族进行了预测, 其中粳稻日本晴中含有 536 个 PPR 蛋白、199 个 TPR 蛋白; 籼稻 9311 中含有 519 个 PPR 蛋白、177 个 TPR 蛋白; 拟南芥中含有 735 个 PPR 蛋白、292 个 TPR 蛋 白; 红藻中 6 个 PPR 蛋白、32 个 TPR 蛋白; 蓝细菌以及古细菌中没有 PPR 蛋白, 但蓝细菌含有 10 个 TPR 蛋白, 古 细菌有 4 个 TPR 蛋白, 并对所得结果进行了进一步生物信息学分析。 关键词: 基因预测; Perl; HMM; 全基因组; PPR; TPR 中图分类号: Q75 文献标识码: A 文章编号: 0253-9772(2006)10-1299-07 A Novel Method of the Genome-Wide Prediction for the Target Genes and Its Application 1 2 1 1 ZHANG Jing-Jing , FENG Jing , ZHU Ying-Guo , LI Yang-Sheng (1. Key Laboratory of Ministry of Education for Plant Developmental Biology, College of Life Sciences, Wuhan University, Wuhan 430072, China; 2. Advanced Research Center for Science and Technology , Wuhan University, Wuhan 430072,