烟草钾转运体基因TPK1的电子克隆与生物信息学分析.pdfVIP

中国农业科学 2011,44(1):28-35 Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2011.01.004 烟草钾转运体基因 TPK1 的电子克隆及生物信息学分析 鲁黎明 1，2 1 2 （四川农业大学农学院，成都 611134 ； 植物生理学与生物化学国家重点实验室，北京 100193 ） 摘要： 【目的】克隆烟草钾吸收转运基因，分析其亲缘关系，并预测其结构、性质与功能，为烟草钾转运体 基因的功能研究提供基础。【方法】以利用RACE技术克隆出的烟草钾转运体基因片段的3端序列为探针，对烟草 EST 数据库进行搜索，筛选与探针同源性在 95％以上的 EST 序列，再利用 DNAStar 软件进行拼接。然后，应用多 种生物信息学数据库和软件，对获得的烟草钾转运体基因全长 cDNA 序列进行结构、性质和功能预测。【结果】获 得烟草钾转运体基因（TPK1 ）的cDNA全长。该基因所编码蛋白质的分子量为26.21 kD，理论等电点pI 为9.72。 该蛋白质是一个疏水膜蛋白，包含6个明显的跨膜螺旋拓扑结构，在二级结构中，共包含11个α-螺旋和16个β -折叠。在亚细胞水平，TPK1 定位于质体、液泡及内质网上。在氨基酸序列上，TPK1 含有信号肽剪切位点及丝氨 酸、苏氨酸和酪氨酸激酶磷酸化位点。在功能方面，TPK1包含典型的K+吸收转运功能保守域，并且与主要的高等 植物 K+吸收转运基因具有较高的同源性。Northern 杂交结果显示，TPK1 在茎、叶及花器官中均有表达。【结论】 成功克隆了烟草K+ + 吸收转运基因 TPK1，该基因与K 在烟草内的运输有关，其确切功能有待进一步验证。 关键词：烟草；钾转运体基因；生物信息学；Northern杂交 In Silico Cloning and Bioinformatic Analysis of TPK1 Gene in Tobacco LU Li-ming1,2 1 2 ( College of Agronomy, Sichuan Agricultural University, Chengdu 611134; State Key Laboratory of Plant Physiology and Biochemistry, Beijing 100193) + Abstract: 【Objective 】 The aim of this study is to clone K transporter gene in tobacco, analyze its genetic relationship, and + + predict its structure, nature, function and to provide a basis for K gene f