甘蔗宿根矮化病病原菌Leifsonia+xyli+subsp.+Xyli基因组学的研究进展.pdfVIP

甘蔗宿根矮化病病原菌Leifsoniaxylisubsp.Xy i基 因组学研究进展 1,2 1 1 1 1 1 1 1 1＊ 赵婷婷 王俊刚 杨本鹏 冯翠莲 熊国如 蔡文伟 王文 伍苏然 张树珍 （1 中国热带农业科学院热带生物技术研究所农业部热带作物生物技术重点开放实验室 海口571101 2 海南大学农学院 海口570228） 摘要：本文综述了甘蔗宿根矮化病病原细菌 Leifsoniaxylisubsp.xyli ( Lxx )基因组组成特征、基因组进化、基因组中致 病相关基因与寄主适应性等方面的研究进展，并对该病原菌、引起番茄细菌性萎蔫和溃疡的病原细菌、马铃薯环腐病 celA pat1 病原细菌的基因组和致病相关基因进行了比较，发现它们存在同源致病基因，如 、 ，其致病机理可能有相似 性。 关键词：甘蔗，宿根矮化病，病原菌，基因组 0 引言 甘蔗宿根矮化病（Ratoon stunting disease ，RSD ）是一种世界范围内的甘蔗主要病害。该病于 [1] 1944~1945 年，在澳大利亚 Queensland 栽培的甘蔗 Q28 品种上首次被发现 ，它可造成甘蔗减产，最大 减幅高达 50%[2] 。Davis 等 （1980）首次在 S8 培养基上成功分离培养了 L.xylisubsp.xyli ( Lxx ) ，并根据 [3] 柯赫氏法则确定 Lxx 为甘蔗宿根矮化病的致病菌 。Lxx 是一种革兰氏阳性植物病原细菌，寄生于感病 植株木质部，引起维管束病害。目前Lxx 体外分离培养仍较为困难，关于 Lxx 致病性以及与甘蔗互作的 研究受到一定程度的限制。Monteiro-Vitorello 等对 LxxCTCB07 全基因组测序完成，为研究该病菌的致 [4] 病机理提供了新的机遇 。本文通过分析Lxx 基因组进化特征、相关致病相关基因与宿主适应性，旨在 揭示 Lxx 潜在的致病分子机制和与植物病原寄主互作的机理。 1LxxCTCB07基因组研究 1.1LxxCTCB07基因组组成特征 LxxCTCB07 基因组由一条环形染色体构成，包括 2, 584, 185 个碱基对，其 GC 含量为 68% 。推测 其存在 2044 个阅读框，其中 70.6%具备完整阅读框，其余为假基因或非编码序列。发现其含有 307 个假 基因，约占编码蛋白基因总数的 13%，占基因组序列的 11.6%；非编码序列占基因组序列的 17.7%；基 因组序列中存在 5 个明显的插入序列 （Insertion sequence，IS ）家族，在整条染色体上分布着 50 个 IS 插 入位点；此外还存在 4 个可能的基因岛 （Genomic island ， GI ），根据序列分析推测认为基因岛可能是通 过噬菌体或质粒序列整合形成。 1.2LxxCTCB07比较基因组研究 引起番茄细菌性萎蔫和溃疡的病原细菌 Clavibactermichiganensissubsp.michiganensis （Cmm ）和马 铃薯环腐病的 Clavibactermichiganensissubsp.sepedonicus （Cms ）同属于革兰氏阳性植物致病细菌，它 们也寄生于寄主植株木质部，形成植物维管束细菌病害，二者的致病特征与 Lxx 较相似。Cmm 、Cms 的全基因组测序也已完成[5,6] ，它们与 Lxx 的亲缘关系也较为接近，因此对Lxx 、Cmm 、Cms 基因组进 行比较分析有助于揭示三者间是否存在相同的致病基因及共同的致病机制。经比较发现：Cmm 、Cms 基因组大小相近，而 Lxx 基因组比它们小 1/3；Lxx 、Cms 、Cmm 基因组中相同的编码基因有 1133 个， 占Lxx 编码基因总数的 55.8%[5] ；Lxx 基因组中存在 307 个假基因，Cms 中假基因为 106 个，而 Cmm 中 最少仅 26 个，基 于假基因