中国虎纹蛙、花蛙、大绿臭蛙、弹琴蛙线粒体基因组序列的测定与无尾目的系统发生分析.pdf

中国虎纹蛙、弹琴蛙、花臭蛙、大绿臭蛙线粒体基因组序列 的测定与无尾目的系统发生关系 摘要 动物线粒体基因组作为独立于细胞核基因之外的DNA，具有分子量小、母 性遗传等特点，一般含有37个基因，因其具有独特的遗传方式通常可用于分子系 统学和分子进化等方面的研究。线粒体基因组作为研究基因组结构与功能、生物 进化的分子手段，对探讨无尾目的系统发生具有重要的理论意义和实践价值。 基因组全序列进行测定，并结合NCBI数据库中的无尾目线粒体基因组全序列， 探讨了蛙科和叉舌蛙科之间的系统发生关系。获得以下结果： rugulosus)(16，903bp)、弹琴蛙(Babinaadenopleura)(18，982bp)、花臭蛙 、 (Odorrana livida) schmackeri)(16，783 bp控制区未测全)、大绿臭蛙(Odorrana (16，059 bp控制区未测全)。中国虎纹蛙线粒体的基因组成、基因顺序和转录方 向与虎纹蛙(H 科其他物种线粒体基因组一致，包含13个蛋白编码基因(PCG)，22个tRNA基因， 序和转录方向与石川臭蛙(Dishikawae)线粒体基因组一致，包含13个蛋白编 7端)，2个核糖体基因和1个 码基因，22个tRNA基因(tRNA—His移至D—loop的5 D．100p。所测的四个物种中，中国虎纹蛙存在ND5基因的重排，但在弹琴蛙、花 摘要 臭蛙和大绿臭蛙中均未发现ND5基因的重排。 2．通过对无尾目各物种线粒体基因组A+T总含量的比较，发现叉舌蛙科的A 中国虎纹蛙(H 其控制区A+T总含量也是已知无尾目中最低。所有无尾目物种的GCSkew均为 Skew 负值说明GC，所有的叉舌蛙科物种的ATSkew均为负值，而蛙科物种的AT 负值和正值均有出现。 3．无尾目物种的蛋白编码基因中使用最多的起始密码子是ArA，其次是 ATG；使用最多的终止密码子是¨A。 4．在四种所测定的无尾目物种的tKNA--级结构中，一般都存在碱基错配现 象，其中绝大部分碱基错配为U·G错配。 原来的位置发生转移，并在12SrRNA基因的上游形成“LTPF基因簇”(或修饰 的LTPF基因簇)。在我们所测得的四种蛙总科物种中，叉舌蛙科的中国虎纹蛙 (H 成“LTPF基因簇”。分析叉舌蛙科己知线粒体基因全序列，发现“LTPF基因簇” 。 科已知物种中均出现“LTPF基因簇，这与典型的新蛙亚目的基因特点一致。 6．中国虎纹蛙(叉舌蛙科)线粒体基因组的各个基因间隔区中最长的位于 ND5与ND6基因之间，弹琴蛙为461 bp，花臭蛙为388bp，大绿臭蛙为52bp。 7．已测得的叉舌蛙科虎纹蛙属的中国虎纹蛙具有两个串联重复的tRNA—Met 基因，与已知叉舌蛙科物种的线粒体基因组序列一致，进一步验证了两个串联重 的现象，该现象与虎纹蛙特征一致，提示tRNA．Leu基因的丢失或许可以作为虎 基因之间移位至D．100p和tRNA．Leu基因之间，该重排现象暗示凹耳蛙与臭蛙属具 II 摘要 有共同的起源。 8．本研究基于线粒体基因组全序列的12个蛋白编码基因对无尾目39个物种 构建系统发生树(BI、ML、MP)，系统发生树的结果强烈支持蛙科、叉舌蛙科 的单系性；蛙科中的凹耳蛙与臭蛙属中的其他三个物种石川臭蛙、花臭蛙和大绿 臭蛙聚成一支，凹耳蛙聚入臭蛙属，臭蛙属的单系性受到挑战。因凹耳蛙的分类 地位本身存在