大鼠肝再生与肝化发生的基因转录谱相关性及其意义研究.pdfVIP

摘 要 肝硬化是由不同病因引起的慢性、进行性、弥漫性肝病，其病理特点为广泛的肝脏 细胞变性坏死、纤维组织增生、肝细胞结节再生及假小叶形成。为了解肝硬化发生的基 Genome 因组学基础，本文用Rat 2302．0芯片检测了大鼠肝硬化的3、6和9周时肝脏细 胞的基因表达谱，发现304个基因与大鼠肝硬化发生相关。用生物信息学和系统生物学 等方法分析肝脏细胞基因表达谱与肝硬化发生的相关性表明，与肝硬化发生相关的16 种生理活动包括刺激、炎症、免疫等反应，信号转导、基因转录、物质运输、糖类、脂 类、氨基酸、蛋白质等代谢，氧化应激、内环境稳定、细胞增殖、生长、分化、发育、 建成、凋亡、迁移、粘附等细胞活动。其中，炎症反应、细胞增殖、凋亡活动增强，免 疫反应、信号转导、氧化应激、细胞分化、发育、粘附等生理活动减弱。为从基因转录 水平探明肝硬化与肝再生发生的本质异同，本文用大鼠全基因组基因表达谱芯片Rat Genome230 948个基因发生了有意义表达变化。H．clustering树形分析显示两者的转录谱差异较大。 K-means根据基因表达相似性将上述两者除去重复后共1096个基因分为6种表达模式。 GO分类和功能聚类分析发现，在肝硬化和肝再生中，免疫反应、炎症反应、细胞迁移、 粘附等生理活动增强，各种物质代谢活动减弱。其中，肝硬化的刺激反应在c2中强于 肝再生，在c6中弱于肝再生，而DNA修复、细胞增殖、脂类代谢、内环境稳态和氧 化应激等弱于肝再生。为从基因转录水平了解JNK、ERKl／2信号通路在大鼠肝再生和 Genome230 大鼠肝硬化中的作用异同，本文用Rat 2．0芯片检测两者的基因表达谱，用 生物信息学和系统生物学等方法分析基因表达谱预示的生理活动。分析表明，JNK信号 通路涉及42条途径，其中的37条途径调控大鼠肝再生的细胞增殖和凋亡，对大鼠肝硬 化的调控作用则不显著。．INK信号通路涉及的302个基因中，RatGenome2302．O芯片 含有240个，其中，79个基因发生有意义表达变化，涉及肝再生的52个基因，肝硬化 的5个基因，两者共有的22个基因。ERKl／2信号通路包括14条途径，其中6条途径 调控大鼠肝再生和大鼠肝硬化发生中的细胞增殖。ERKl／2信号通路共涉及165个基因， RatGenome2302．0芯片含有161个基因，其中，46个基因发生有意义表达变化，涉及 肝再生的42个基因，肝硬化的11个基因，两者共有的7个基因。 关键词：肝硬化；肝再生：基因表达谱：．INK信号通路；ERKl／2信号通路 lI ABSTRACT anddiffuseliver is kindof disease，whichpathologically Liver a c栅omc、progressive cmosis(Lc)is fibrous of of tissue，nodular andnecrosis cells，proliferation wilh hepatic 曲团佻te【izcd abnormality Genome230 LCintermof 2·0劬掣 formation．To genome，Rat and explore 他genefa矗0npseudolobule