果蝇先天性免疫oll与Imd信号通路相关基因进化机制研究.pdf

摘要 为了能够在环境中生存，昆虫进化出了先天性免疫系统以抵抗病原的入侵。研究 表明自然选择可以驱动免疫系统相关蛋白的进化。然而，网络结构对蛋白进化的影响 机制目前还不清楚。因此，本文在功能性网络水平下，分析了六种果蝇问先天性免疫 Toll和Imd信号通路中基因的进化机制，通过对通路中相关免疫基因序列下载及比 对、系统发育树构建、基因进化分析、网络水平进化分析以及多变量分析等分析手段， 得出了以下几个方面的研究成果： (1)根据己发表的文献，我们确定了直接参与果蝇先天性免疫Toll和Imd信号通路 中的50个免疫相关基因。在对同源序列比对的基础上，使用MrBayes软件构建了通 路中基因的系统发育树，与己知的果蝇物种问系统发生关系是一致的。通过使用 PAML软件中的不同模型的计算与比较，计算了免疫基因的进化速率，并发现Sphinxl 和Dnrl两个基因表现出强烈的正选择的信号，表明这两个基因确实受到了正选择压 力。 (2)网络水平的进化会受到不同拓扑变量的影响，包括基因在通路中的位置、连通 数及3-UTR的长度。通过斯皮尔曼等级相关系数，我们分析了不同拓扑变量与基因 进化速率间的关系。通过双变量相关性分析，发现选择压与基因在通路中的位置存在 负相关性，即下游基因更保守，受到更强的选择压：并且基因进化速率与调控它的 miRNA数目也显著负相关，表明被越多miRNA调控的基因越保守，进化越慢。 (3)为了探究不同变量间的相关性是来自直接影响还是间接影响，我们使用偏相关 分析及路径分析，进一步分析了不同拓扑变量之间的关系。偏相关分析表明，基因在 通路中位置与非同义替换速率dN值间始终存在显著的负相关性，表明通路位置是影 响网络中基因进化速率的一个重要变量。与偏相关分析结果一致，路径分析表明，基 因位置与dN显著相关，并且密码子偏好性可以通过影响dN进而影响进化速率∞值。 关键词：果蝇，Toll和Imd信号通路，分子进化，选择压，microRNA lmmune evolvedaninnate hostile have Tosurviveina environment，insects drive naturalselection haveshownthat may todefend infection．Studies svstem against architecture immune network evolutionof proteins．Yet，how the system—related the remainsunclear．Therefore，weanalyzed innuences evolution proteinsequence andImdinnate intheToll rate of involved molecularevolutionarypatternsgenes