重要致病菌流行学调查、比较基因 组学及遗传进化研究.pdf

摘要 摘要 本文分别以小肠结肠炎耶尔森氏菌(Yersinia 菌(Staphylococcus 大肠杆菌(Escherichia 为研究对象，采用基因组学、比较基因组学、流行病学和生物信息学等方法进行 遗传及分子进化的研究，共分为三个部分。 I 小肠结肠炎耶尔森氏菌是一种异质性细菌，由于其拥有广泛的动物宿主， 使得它更容易引起人类肠道的疾病。美国的流行病学模式是生物型1B血清型 0：8的菌株即所谓的“新世界菌株占据优势；与之相反，中国地区的感染所呈 现的模式与欧洲国家及日本地区相似，即“1日世界’’菌株(生物型2．5)较为 流行。为深入研究小肠结肠炎耶尔森氏茵的进化过程及其对人类宿主的致病机 制，我们对一株从中国地区病人体内分离得到的生物型3的菌株105．5R(r)(O：9) 进行了全基因组测序。与菌株8081(1B／O：8)的比较基因组学分析揭示了小肠 结肠炎耶尔森氏菌进化方面的新发现。两株菌均有大约15％的基因是特异的。 在菌株105．5R∽中，我们在其特异的基因组致病岛中发现了一些可能的毒力因 子，包括一个新的III型分泌系统和一个类似rt