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Hereditas (Beijing) 2014 年 12 月, 36(12): 1226―1234
研究报告
miRNAs 调控lincRNAs 的生物信息学预测与功能分析
樊春燕,魏强,郝志强,李广林
陕西师范大学生命科学学院,西安 710062
摘要 : 基因间长链非编码RNAs(Long intergenic non-coding RNAs, lincRNAs)是位于蛋白编码基因之间的长度
超过200 nt 的非编码RNAs ,在动物中参与细胞周期调控、免疫监视、胚胎干细胞分化等多种生物学过程,但
是 lincRNAs 在大多数植物中的功能尚不清楚。MicroRNAs(miRNAs)是真核生物中一类在转录水平和转录后水
平介导基因沉默的21 nt 左右的内源性单链小非编码RNAs 分子,通过序列互补的方式调控靶标基因的表达。
目前miRNAs 的靶标研究主要集中于编码蛋白的基因,而对于靶标为非编码RNAs 的研究较少,尤其在植物中
的研究更为少见。为了系统挖掘植物中lincRNAs 的功能,文章整合miRNAs 数据、cDNAs 数据和降解组数据,
利用生物信息学方法找到拟南芥(Arabidopsis thaliana )337 个成熟miRNAs 在2708 个lincRNAs 上的可能结合位
点,构建了miRNAs-mRNAs-lincRNAs 调控网络,并根据竞争性内源(ceRNA)假说预测lincRNAs 的功能,为进
一步阐明植物中miRNAs 对lincRNAs 的调控机制以及lincRNAs 的功能奠定了基础。
关键词 : 微小RNAs ;基因间长链非编码RNAs ;降解组;靶标
Prediction and functional analysis of lincRNAs targeted by miRNAs
Chunyan Fan, Qiang Wei, Zhiqiang Hao, Guanglin Li
College of Life Science, Shaanxi Normal University, Xi ’an 710062, China
Abstract: Long intergenic non-coding RNAs (lincRNAs) located between protein-coding genes are non-coding
RNAs longer than 200 nucleotides in length. LincRNAs are involved in a variety of biological processes such
as cell cycle regulation, immune surveillance and embryonic stem cells differentiation in animals; however, the func-
tion of lincRNAs in plants is largely unclear. MicroRNAs (miRNAs) are a class of endogenous, single-stranded,
non-coding small (~21 nt) RNAs, which can regulate gene expression at transcriptional or post-transcriptional level in
eukaryotes by means of sequence complementation. Now, intensive studies on protein-coding genes targeted by
miRNAs have been carried out, but the research on non-coding RNAs targeted by miRNAs is seldom explored, espe-
cially in plants. In order to uncover the potential function of lincRNAs, the data including miRNAs, cDNAs and
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