栉孔扇贝急性病性坏死病毒基因组全序列的测定和核酸诊断技术的研究.pdf

栉孔扇贝急性病毒性坏死病毒基因组全序列的测定和核酸诊断技术的研究 栉孑L扇贝急性病毒性坏死病毒基因组全序列的测定和核酸 诊断技术的研究 捅 要 规模化养殖已有20多年的历史，给我国北方沿海地区带来了巨大的经济效益， 在我国海水养殖业中占有重要的地位。自20世纪90年代以来，栉孔扇贝的大规 模死亡在我国北方养殖海区连年暴发(累积死亡率高达90％以上)，已给栉孔扇 贝养殖业造成了巨大的经济损失，并严重阻碍了这一产业的持续发展。 Vtral NecrobiotieVirus，AVNV)，是引起我国 急性病毒性坏死病毒(Acute Viral 北方沿海养殖栉孔扇贝夏季大规模死亡(急性病毒性坏死症)(Acute Neerobiotic Disease，㈣)的病原。该病毒主要在扇贝的消化腺、外套膜、肾 脏和肠等的结缔组织细胞和间质细胞中发现，病毒呈球形，直径大小为130- 突长度约为20nm，病毒核衣壳与囊膜间有10-一16nm的透明间隙，病毒核心区 电子密度较高。这些形态学方面的特征与此前国外报道的感染牡蛎等双壳贝类的 牡蛎疱疹病毒(Ostreid l，OsHV-1)很相似。 Herpesvirus AVNV核酸为模板进行了PCR扩增，得到了部分AVNV的基因序列。序列分析 相似性。根据这些已有的核苷酸序列和已经公布的OsHV-1的全基因组序列 (Gene 建立了一系列末端相互重叠的克隆，覆盖整个AVNV的基因组，对这些克隆进 行了测序和拼接，完成了AVNV基因组核苷酸序列的测定(GeneBank号： 栉孔扇贝急性病毒性坏死病毒基因组全序列的测定和核酸诊断技术的研究 Frames， 特征。预测AVNV基因组中含有123个潜在的开放阅读框(OpenReading 有44个ORF具有一定的结构和功能，且与其它类群的核酸或蛋白质氨基酸序列 具有显著的同源性。其功能与病毒DNA复制、核酸代谢、修饰以及病毒与宿主 相互作用等有关，如DNA聚合酶(DNA helicase polymerase)(ORF99)、解旋酶SF2 subunitof (OIU66)、引物酶(Primase)(ORF24)、ATPase DNA—packaging reductasesmall reductase large 27、 subunit)(ORF50)、dUTP酶(deoxyuridine ORF 33和OI心74)等。对这些主要基因的密码子偏爱性、结构域、同源性和蛋 白质二级结构进行了分析，推测了它们可能的功能。分析了AVNV和其它贝类 子水平的相似程度非常高，二者的亲缘关系很近，但是二者在基因组大小和ORF 编码蛋白质的同源性方面存在较大的差异，结合二者在宿主范围、地理分布和流 个新种。 在完成AVNV基因组全序列的测定和分析的基础上，针对不同样品分析的 要求，建立了AVNVPCR检测方法、巢式PCR检测方法、环介导等温扩增 (LAMP)检测方法和荧光实时定