《DNA动力学柔性的统计力学模型》.pdfVIP

生物物理学报第十七卷第二期 二oo一年六月 ACTABIoPHYSICA SINICAV01．17No．2 Jnn．2∞l DNA动力学柔性的统计力学模型 蔡禄。3， 罗辽复2 (1．清华大学生命科学与技术系，北京100084；2．内蒙古大学物理系，内蒙古呼和浩特010021 3包头钢饿学院生物与化学工程系，内肇古包头014叭0) 擅要：考虑碱基对之闻的非紧邦相互作用、涨落的序列依慧效应和非对称藩落。提出了DNA 构象的境计力学模型。格出了DNA柔性的斯定义。作为模型的应用，对12种三挂苷酸重复序列的 动力学秉性作了预州。理论顸测与其它方法得到的结话比较．有很好的一致性。对模型和蛄论的理 论意叉柞7讨论。 关t词：DNA；秉性；统计力学模型 中圈分类号：Q617文蕾标识码：A 文章壕号：1000—6737(2001)02—0311—07 目前，关于DNA弯曲的讨论已有很多。大致提出了三类DNA静态弯曲模型：非A—tract 弯曲模型“’21，A—tract弯曲模型”“和结点弯盟模型…。这些静态的模型为我们提供了局部碱 基对梯阶的形变如何积累成静态大分子宏观弯曲的基本概念。然而，静态模型下的参数只对应 DNA能量极小的平衡态，它并不是细胞中双螺旋的必然态。事实上，静态模型与苌柔性DNA 链有很大不同。zhurkin。41、Olson”1等提出一系列DNA弯曲的动力学模型，这类模型表明了 相邻碱基对的依赖序列的弯曲如何影响DNA的整体构象，局部几何形状的涨落如何转换成 太分子水平的大范围效应。但这些模型只是初步的工作，它们均未能合理地给定静态参数集 和考虑涨落的序列依赖效应。和序列依赖的DNA弯曲一样，DNA的动力学柔性在诸如核小 体中DNA的装配，DNA和结合蛋白的相互作用，基因的转录、转译及复制等问题中有重要作 用。如何合理地描述DNA的柔性呢?柔性基本上由DNA动力学结构确定，我们建立了一个 DNA构象的的统计力学模型，并且引进了一个DNA柔性的新定义。在我们统计力学模型的 基础上，由DNA序列可以方便地计算DNA的柔性。 1理论模型 1．1构象能模型 对每一碱基对梯阶，引进一介于两碱基对局域坐标系中间的中介坐标系，相对该坐标系定 义结构参数。描述DNA构象一般要9个参数…，n为相邻两碱基对长轴在xy平面内投影的 夹角，称为螺旋扭角。p为相邻两碱基对短轴在xz平面内投影的夹角，称为碱基对平面转角。 r为相邻两碱基对长轴在yz平面内投影的夹角，称为碱基对平面倾角。B，n，n为一碱基对 梯阶中长轴中点的z，Y，x增量。在一级近似下，忽略碱基对内部结构，给n和n以确定值 分别为OA和3．4A。用简单的能量模型来描述局域碱基对几何形状涨落。其中，能量E(n)一 t■日囊：2000—09一05 基盒啊目：内蒙古自然科学基垒赍助课置(2∞01302)，包头钢长掌院科研基金责鼬课题 作者膏介：摹檬，19“年生．教授，博士，电话：oloEⅧil：cailu@pubIic．hh．nmcn 万方数据 万方数据 第2期 DNA动力学柔性的统计力学模型 313 B—DNA T●bIel The setof intetramersfor parameterinner—pair YGGR RcAY RcGRRcGYYcGRRTAR Tet姗erRGGRRGGY YGGYRcAR Y哪虚YcAY 中的等势曲线为基础安排。因为r的涨落比p的涨落要小，所以我们任选女，，=2向。。这里砗。是 对称涨落模型下P的力常数(本文未列韩。的值)。本文使用的力常数b，，^，-，^，z和b，，的数