《核酸中碱基的氢键作用机理及电子特征理论研究》.pdfVIP

第 25卷 第 2期 化 学 研 究 中国科技核心期刊 2014年 3月 CHEM ICAL RESEARCH http：／／hxya．chinajourna1．net．cn 核酸中碱基的氢键作用机理及 电子特征理论研究 肖 神 ，方 意，刘玉震，马飞燕，冀利妃 (西南大学 化学化工学 院，重庆 400715) 摘 要：采用耦合簇量子化学方法 CCSD／aug—CC—pVDZ研究了嘧啶与嘌呤之间的相互作用 ，利用基函数叠加误 差法 (BSSE)消除相互作用能误差，并进行 了几何结构优化 ；采用 Gaussian03程序包 中的NBO程序分析 了二阶 稳定化能及 自然键轨道．与此同时，应用约化密度函数 (RDG)填色等值面图对体系进行了图形化分析，分析了 氢键相互作用所在 的空间位置和相对强度 ，以及氢键相互作用的性质 ，以进一步 了解二者的相互作用．结果表 明，嘧啶一嘌呤体系的相互作用属于闭合壳层静 电相互作用．电子密度跃迁矩阵分析结果表明，激发区域主要集 中在N原子和 0原子处，涉及的空间广度很大，第一激发态主要涉及前线分子轨道，属于 。一 或n一 类型 跃迁 ． 关键词 ：核酸 ；碱基 ；氢键作用机理 ；电子特征 ；理论研究 中图分类号：0641 文献标志码 ：A 文章编号：1008一1011(2014)O2—0187一O8 Theoreticalstudiesonhydrogenbondingaction mechanism and electronicpropertiesofthebasein nucleicacid XIAO Yi ，FANG Yi，LIU Yuzhen，MA Feiyan，JILifei (CollegeofChemistryandChemicalEngineering，SouthwestUniversity，Chongqing400715，China) Abstract：TheinteractionsbetweenpyrimidineandpurinewereinvestigatedwithCCSD／aug—CC— pVDZ quantum chemicalmethod，theinteractionenergieswerecorrectedwhilebasisfunction equilibrium correction method wasadopted to eliminatetheoverlapping errorofthe base groups，andthegeometricstructurewasoptimized．Besides，thesecond—orderstabilization e— nergiesandnaturalbondorbitalswereanalyzedwithNBO program attached in Gaussian 03 program package．In themeantime，forfurtherexplorationoftheinteractionsbetweenpyrimi— dineandpurine，reduceddensitygradientcolor—fillediso—surfacemapwasadoptedforgraphical analysesofpyrimidine—purinesystem andvisualizing thepositionsandstrengthsofhydrogen bondingaswellasrevealingthenatureofhydrogenbondinginteractions．Resultsindicatethat theinteractionsofpyrim idine—purinesystem b