《海量种群基因表达式编程的内存删冗算法》.pdfVIP

第 40卷 第9期 计 算 机 工 程 2014年9月 Vo1．40 No．9 ComputerEngineering September2014 · 人工智能及识别技术 · 文章编号：1000-3428(2014)09．0233-05 文献标识码：A 中图分类号：TP18 海量种群基因表达式编程的内存删冗算法 钟坚成 ，彭 玮 (1．湖南师范大学工程与设计学院，长沙 410081；2．昆明理工大学信息工程与 自动化学院，昆明650093) 摘 要：在大样本、多种群、高进化代数的情况下，基因表达式编程 (GEP)容易产生冗余个体染色体有效串，从而影 响计算性能。为解决该问题，提出一种基于 内存检测种群冗余的算法MPRRGEP。分析单基因、多基因对种群冗余 性的影响，设计个体染色体有效性的测度方法。提出内存 Hash种群映射删冗算法，在 内存 中索引个体染色体数 据 ，减少相 同有效 串的重复计算次数 ，大幅提高 GEP计算性能。实验结果表 明，相 比传统 GEP算法 ，MPRRGEP算 法平均减少 60％以上 的计算时间。 关键词 ：基 因表达式编程 ；删冗 ；哈希表 ；基 因有效 串；多基 因；关键蛋白质预测 M emoryReducingRedundantAlgorithm of GeneExpressionProgrammingwith M assPopulation ZHONG Jian．cheng ，PENG W ei (1．CollegeofEngineeringandDesign，HunanNormalUniversity，Changsha410081，China； 2．FacultyofInformationEngineeringandAutomation，KunmingUniversityofScienceandTechnology，Kunming650093，China) 【Abstract】Underthecondition oflarge—sample，multi—population andhigh—evolution computation，GeneExpression Programming(GEP)ispronetoproduceredundantvalidstringsofchromosome，whichimpactsitsperformancedramatically．To addresstheproblem，thispaperproposesanew strategynma edMemoryPopulationReducingRedundnatGEP(MPRRGEP)， whichchecksrepeatvalidstringsofchromosomeandreducestheredundantinmemory ．Itnaalysestheinfluenceofvalidstrings inbothsingle—genenadmulti—genechromosomeon theperfomr anceofGPE．Andamethod thatcan effectivelymeasurethe validityofindividualchromosomeisdesigned．ByusingHashtechnique，theindexofthedataofvalidindividualchromosomeis constructed inmemory soastoreducethema ountoftimesthatcomputethesarrlevalidstringsandimprovetheperformanceof GEP．Experimentalresultsshow thatthemethodcan averagelysavethecomputingtimeforabove60％ ． 【Keywords】GeneExpressionProgramming(GEP)；reducingredunda