不同表达谱芯片分析方法在药效机制研究中的应用.pdfVIP

第32卷第6期 计算机应用与软件 Vol_32 No．6 2015年6月 ComputerApplicationsandSoftware Jun．2015 不 同表达谱芯片分析方法在药效机制研究中的应用 刘建胜 张善镇 姚志洪 杜艳芝，2 (上海交通大学医学院／中科院上海生命科学研究院健康科学研究所 上海 200025) (上海交通大学医学院附属仁济医院生殖医学中心上海市辅助生殖与优生重点实验室 上海200135) 摘 要 Affymetrix表达谱芯片技术是一种研究基因在不同条件下表达变化的高通量分析技术，当前在深度动态挖掘药物作用机 制方面的芯片分析方法的应用研究仍比较少。以药物表达谱芯片数据为研究对象，运用不同的算法对芯片数据进行预处理，使用t 检验和基因芯片显著性分析的方法筛选差异表达的基因，利用凝集型层次聚类和 CPP—SOM聚类的方法对差异表达的基因进行聚类 分析，最后运用两类富集分析工具DAVID和GSEA对药效可能涉及的信号通路、生物学过程进行相关生物学功能的富集。结果表 明，RMA算法处理药物芯片数据优于MAS5．0算法和GCRMA算法；CPP．SOM 聚类方法挖掘的数据信息更丰富；GSEA富集分析工 具更适合用于药效机制的研究。本研究为新药研发提供算法支持。 关键词 表达谱芯片 标准化 聚类 富集分析工具 中图分类号 TP3 文献标识码 A DOI：10．3969／j．issn．1000-386x．2015．06。014 APPLICATIoN oFDIFFERENT M ICRoARRAY ANALYSISM ETHoDSIN PHARMACoLoGICAL MECHANISM RESEARCH LiuJiansheng ZhangShanzhen YaoZhihong DuYanzhi_ (InstituteofHealthSciences，ShanghaiJiaoTongUniversitySchoolofMedicineandShanghaiInstitutesforBiologicalSciences， ChineseAcademyofSciences，Shanghai200025，China) (ShanghaiKeyLaboratoryforAssistedReproductionandReproductiveGenetics，CenterforReproductiveMedicine，RenfiHospital， ShanghaiJiaoTongUniversitySchoolofMedicine，Shanghai200135，China) Abstract AffymetrixcDNA microarraytechnology isahigh—throughputanalysistechnology used forstudyingthe variation ofgenes expressionindifferentconditions．Currentlythe印plicationresearchesinmicroarrayanalysismethodsintheaspectsofdeepanddynamically miningthemechanismofdrugactionsarestillfew．Inthepaperwetakethemedicinemicroarraydataasthestudyingobject，usedifferent algorithmstopreprocessthemicroarraydata，usethemethodsofttestandsignificanceanalysisofgenesmicroarray(SAM)tosiftoutthe gen