原鸡基因CD8a生物信息学初步分析论文施.docVIP

原鸡基因CD8a生物信息学初步分析 姓 名 卢慧 生命科学学院 生物技术 2011级1103班 1154010426 指导教师 贾震虎 本文的实验对象是原鸡的CD8a。本实验运用生物信息学方法，对本条核酸序列进行核酸一级结构和其表达产物的一级结构、二级结构以及三级结构进行初步分析。通过分析我们得出，该条序列长度为648bp，有多种酶的限制性酶切位点，与其他鸡形目的CD8a相似性很高，本条序列共编码216个氨基酸。氨基酸疏水性不高，有12个磷酸化位点，没有信号肽，有一个跨膜区，蛋白质二级结构主要是α螺旋，占22.69%；延伸链，占15.74%；无规卷曲，占61.57%，并且分布不连续。通过对其系统发生树的建立，三种方法构建的系统树，所表现的CD8a和其他物种同源序列之间的关系基本一致。 【关键词】:原鸡 生物信息学 CD8a 目录 一、综述 4 二、分析研究材料与方法 5 （一）研究材料 5 （二）研究方法及工具 5 （三）分析方法和具体步骤 6 三、预测结果与分析 8 （一）核酸序列一级结构分析 8 1．核酸序列基本分析 8 2.核酸序列的酶切图谱分析 9 3.碱基同源性初步分析 11 （二）氨基酸序列的初步分析 12 1.氨基酸序列的组成 12 2．磷酸位点的预测 14 3．氨基酸的疏水性和亲水性分析 14 4．氨基酸的跨膜区分布 15 5．信号肽区域的预测 16 （三）氨基酸高能结构的分析 17 1．氨基酸的二级结构分析 17 2．蛋白质序列的结构功能域分析 18 3．蛋白质的亚细胞定位 19 4．氨基酸序列三级结构的分析 20 5．系统进化树的构建及其进化分析 20 四、结果讨论 21 （一）核酸序列的基本分析 21 （二）氨基酸序列的基本分析 21 （三）蛋白质高级结构分析及功能预测 22 （四）结论 22 五、参考文献 22 原鸡基因CD8a生物信息学初步分析 Bioinformatical Analysis of a Gallus gallus CD8a Gene 学生姓名：卢慧 指导老师：贾震虎 一、综述 生物信息学是一门新兴的前沿的科学，它随着计算机的技术的发展，逐步应用于农林学、生物学、医学等研究中[1]，通过各种软、数据库、服务器对生物分子的分析及功能预测，在科技领域显示了它越来越重要的作用。 本文就是利用生物信息学方法，对原鸡的CD8a进行初步分析。原鸡不仅适应于热带、亚热带地区饲养繁衍，而且对高寒地区也具有良好的适应能力，全年各个季节全国各地均可饲养。而且其抗病能力强，病害少，育雏成活率高，达到98%左右，属于中国二级保护动物。 CD8分子是T淋巴细胞表面的I型跨膜蛋白[2]，也是T淋巴细胞表面重要的标志性分子[3, 4]。鸡的CD8分子主要表达在细胞毒性T淋巴细胞[5]、抑制性T细胞和树突状细胞的表面。[6]CD8分子是二聚体，并有CD8aa同型二聚体和CD8aβ异型二聚体两种表达形式。CD8主要识别MHCⅠ类分子递呈的内源性抗原；鸡CD8分子是鸡免疫系统的重要组成部分，与哺乳动物的CD8分子在生物进化和功能上有明显的相似性[12，13]。CD8a参与胸腺分化以及T细胞活化的信号传导,[7]而CD8β主要协助CD8a发挥生物学功能。 通过对不同物种的CD8a核酸序列的分析，人们发现CD8a是一个功能类似而且较为保守的跨膜蛋白，约由230个氨基酸组成，包含一个规范的信号肽，一个Ig高变区，Ig高变区暴露于同源的免疫球蛋白的CDR1、2、3的钩环区；紧接着Ig高变区的是富含脯氨酸的铰链区，之后是由二十个氨基酸构成的跨膜区。 本文首先对核酸序列进行基本分析，通过对酶切位点的分析，我们可以对本条核酸序列酶切及体外扩增，用于分子实验。对氨基酸序列的分析，我们可以找到其磷酸化的位置，有无信号肽，以及亚细胞定位和其二级结构等，在此基础上，来分析预测结构和功能的关系。对CD8a基因的生物信息学分析，通过比较相同基因和不同基因的等位基因，有助于研究不同基因间的进化关系，以及进一步研究CD8a与免疫系统防御的关系，所以在原鸡养殖和优良育种方面具有很好的应用前景[8]。 二、分析研究材料与方法 （一）研究材料 研究对象是原鸡的CD8a作为研究材料，长度为648bp，在GenBank的登录号为NM_205235.1。 （二）研究方法及工具 本论文采用生物信息学方法，用计算机对草鱼的原鸡的CD8a（648bp）的结构、功能及进化地位进行了研究，主要用到的生物信息学数据库、分析软件以及网络服务器如下 数据库： NCBI（National Center for Biotechnology Information，美国国家生物技术信息中心） 软件： Bioedit（用于核酸序列编辑与分析）