四种雁形目鸟类线粒体全基因组结构特征和分子系统学及研究.pdf

摘要 摘要 近年来，动物线粒体DNA全序列的测定和系统发生关系的重建己成为分子 系统学研究的热点之一，尤其是线粒体DNA全序列已经广泛应用于鸟类的系统 学研究上，已成功用于解决某些鸟类类群的系统发生关系。雁形目(Anseriformes) 鸟类是一个庞大的类群，其系统发育关系及部分物种的分类地位复杂且具有争 议，也是鸟类系统学研究关注的焦点。由于雁形目种类繁多，目前不同的研究方 法得到的雁形目鸟类的系统发生关系均存在较大的分歧，甚至各个阶元的系统发 生关系等并不一致。长期以来，雁形目中一些重要物种的分类地位一直存在争议， 如中华秋沙鸭(Mergussquamatus)、豆雁(Anser ferruginea)和鸳鸯(Aixgalericulatata)等物种的分类归属及亲缘关系是争论的 焦点之一。此外，雁形目鸟类中的一些重要类群的分类地位及系统发生关系也存 在争论，如鹊雁(Anseranas ducks)和树鸭 semipalmata)、针尾鸭(Stiff-tailed (Whistling 生关系也受到关注。传统的形态学研究对雁形目鸟类的系统发生关系存在较大的 分歧，而这些争论仅仅从形态学上的证据难以得到解决。随着基因组学分析技术 的发展和分子系统学研究的深入，线粒体DNA全序列作为重要的分子标记已经 广泛用于研究物种之间的亲缘关系、推导物种的进化和系统发生关系。为了进一 步澄清雁形目部分物种的分类地位和雁形目鸟类的系统发生关系，本研究选取了 中华秋沙鸭、豆雁、赤麻鸭和鸳鸯的线粒体DNA全序列作为研究对象。根据已 知的雁形目鸟类的线粒体DNA全序列设计引物进行PCR扩增，获得四种雁形目 鸟类线粒体DNA全序列，分析其结构和特征，进一步研究雁形目鸟类线粒体基 因的排列模式和结构，为雁形目鸟类线粒体谱系基因组学的研究提供新的数据资 料。结合NCBI数据库上已有序列重建的16种雁形目鸟类的系统发育树，澄清 b，ND2和COI) 四种雁形目鸟类的分类地位。同时，以部分线粒体基因序列(Cyt 为联合标记基因，重建68种雁形目鸟类的系统发生树，探讨部分争议物种类群 的分类地位，从分子系统学的角度为雁形目系统发育提供证据，以期为雁形目鸟 类系统分类与进化研究提供新的信息。 四种雁形目鸟类的线粒体DNA全序列均为典型的环状分子结构，其长度分 l 四种雁形目鸟类的线粒体全基因组结构特征及其分子系统学研冗 595 688 651 639 别为16 bp、16bp、16bp和16bp，包括37个基因：13个蛋白 b)、2个rRNA基因 质编码基因(NDl．6、ND4L、ATP6、ATP8、COI-III和Cyt (16SrRNA和12S 四种雁形目鸟类的线粒体DNA各基因长度、位置与己知雁形目鸟类相似，其编 码蛋白质区域和rRNA基因与其它雁形目鸟类具有很高的同源性，显示其线粒体 起始密码子，终止密码子以典型的A，T-或TAG为主。非编码区包括少量的 型的三叶草结构。2个rRNA基因(16SrRNA和12S 之间，并以tRNATM间隔。 以线粒体DNA全序列为分子标记构建的16种雁形目鸟类的系统发生树显示 鸳鸯和赤麻鸭应同属于麻鸭亚科(Tadominae)；中华秋沙鸭隶属于鸭亚科 发生树中与其他鸭族物种相距较远，其分类地位还需要进一步研究。 b，ND2和COI)构 利用已知雁形目鸟类线粒体的三种联合标记基因(Cyt 建的68种雁形目鸟类的系统发育树结果表明：雁形目鸟类可以划分为三个科， 作为一个单独的科；鸭科划分为五个亚科：鸭亚科(Anatinae)、麻鸭亚科 绒鸭族从海鸭族中分离出来构建单独的一个族；麻鸭亚科包括A／x、Cairina、 族。 关键词：雁形目鸟类，线粒体DNA，线粒体基因组结构，分子系统树，系统发 育