《分子进化研究中的几个统计量及其应用 Some Statistical Parameters in Molecular Evolution and Their Application》.pdfVIP

第 卷 第 期 北 京 工 业 大 学 学 报 VOI . 31 NO .2 31 2 年 月 2005 3 JOURNAL OF BEIJING UNIVERSITY OF TECHNOLOGY Mar . 2005 ############################################################## 分子进化研究中的几个统计量及其应用 陈建群，王友红，蒋 科，张 晖 （南京大学 生物科学与技术系，南京 210093） 摘 要：为在分子水平上快速精确地研究生物的进化关系，提出了分子进化研究中的几个常用统计量及其计算 方法 根据这些统计量探测正选择作用，并确定特定基因的进化速度或年龄 这些统计量包括核苷酸同义替换 . . 数 （ ）、非同义替换数 （ ）、 、 多态性和遗传距离等 通过植物抗性基因的一个实例揭示了这些 i K i K K / K DNA . S S D a a S 统计量在阐明进化机制过程中的重要性. 关键词：核苷酸非同义替换数 （ ）；核苷酸同义替换数 （ ）； （ ） （ ）； 多态性；遗传距离 i K i K i K / i K DNA D a S S D a S S 中图分类号： 文献标识码： 文章编号： （ ） O 349 A 0254 - 0037 2005 02 - 0194 - 05 （ ）和 （ ）及其应用 ! i K i K D a S S （ ）、 （ ）的定义及其计算 ! ! i K i K D a S S 在研究 序列进化分歧度的过程中，经常要分别估计一对序列的同义替换数 和非同义替换数 DNA i S （若只研究编码区则估计 和 ）当 条同源序列不超过一个核苷酸差异时， 和 可通过对同义 i K K . 2 i i D S a S D 替换和非同义替换计数得到 而 条同源序列的核苷酸差异超过 个时，区分同义替换和非同义替换就 . 2 1 ［］ ［，］ ［］ 比较困难 1 2 3 4 等 提出了一种估计同义替换的统计方法，此后， 、 等 和 等 发展了 . PerIer Miyata YaSuDaga Li 更精确的方法 这些方法的主要区别为： 等的方法对多种不同的进化途径给予相等的权重；而文献 . PerIer ［ ］的方法给包含同义替换的途径以更大的权重 但上述方法都存在计算太复杂的缺点，因此， 和 2 ~ 4 . Nei ［］ 5 提出了一种更简单的不包含权重的方法 该方法简述如下： GOjO3Ori . 第 步，对每个密码子潜在的同义和非同义位点计数 定义为某密码子第 位核苷酸上发生同义变 1 . f i i 3 化的比例（同义变化数 所有可能的变化数）则这个密码子上的同义位点数目 ；而非同义位点 / . S !f i i 1 数目 如：对密码子 （ ）， ， （即第 位的 和第 位的 的任何变化都会导致该密 I 3 - S . ATT IIe f 1 0 f 2 0 1 A 2 T 码子所编码氨基酸的变化）， （第 个位置上可能的 种突变中有 种不会引起氨基酸的变化）求 f 3 2/ 3 3 3 2 . r 和后得该密码子的 ， 对一条含有 个密码子的序列，总的同义位点数目 ， 是第 S 2/ 3 I 7/ 3 . r S S S ! 1 个密码子的 值，而总的非同义位点数目 S N 3 r - S . 第 步，对逐个密码子确定一对序列之间的同义和非同义核苷酸差异数 如果只有一个核苷酸变化， 2 . 很容易确定这个变化是同义还是非同义的 如果有 个核苷酸变化，从一个密码子到另一个密码子的变 . 2 化途径有 条，每条途径需 步 以 到 的变化为例，可能的途径有： （ ） （ ） 2 2 . CTG ATT !CTG Leu ATG Met ATT （ ），该途径包含了 个非同义变化； （ ） （ ） （ ），该途径包含一个同义变化和一 IIe 2 CTG Leu CTT Leu ATT IIe 个非同义变化 定义 和 分别为单个密码子上同义和非同义核苷酸变化数 假设 条途径发生的可 . S c I c . 2 能性相等，则 ， 如果有 个核苷酸变化，可能的变化途径有 条，每条途径需 步 同上 S c 0 .5 I c 1.5 . 3 6 3 . 可得出 和 如果任意途径中出现终止子，整条途径应从计