《基于结合位点的辅酶A结合蛋白家族的分类 Classification of Coenzyme-A Binding Proteins Based on Co-Factor Binding Modes》.pdfVIP

物理化学学报(Wuli Huaxue Xuebao) May Acta Phys. - Chim. Sin. 2011, 27 (5), 1223-1231 1223 [Article] 基于结合位点的辅酶A 结合蛋白家族的分类 樊 迪§ 刘振明§,* 金宏威 张亮仁* (北京大学药学院, 天然药物及仿生药物国家重点实验室, 北京100191) 摘要: 发展了一种基于分子相互识别的蛋白质分类方法, 应用数据挖掘策略与统计学聚类, 根据辅酶A (coenzyme-A, CoA)结合蛋白的结合模式特征数据, 通过对比和分析多种分类方法对该体系的分类准确度, 对 这类体内重要的蛋白进行了分类方法学研究, 选择了最优的两步聚类法. 本研究工作设计和建立了一个分类参 数, 可以简洁有效地评价出各个结合特征的显著性与重要性, 并以此为依据从所有特征中筛选出决定性的特征 变量. 研究结果所得到的CoA 结合蛋白的三个分类, 都具有显著的氢键与疏水结合特征; CoA 可以与多个生物 活性关键氨基酸残基形成氢键作用. 这些相互作用的共性及分类上的差异, 说明了配体与不同受体相互作用过 程中结合模式上的细微差别, 对于以CoA 结合蛋白为靶点的选择性调控分子设计具有重要的参考意义与指导 作用. 关键词: 辅酶A; 蛋白质分类; 结合模式; 聚类分析; 泛酰巯基乙胺链 中图分类号: O641 Classification of Coenzyme-A Binding Proteins Based on Co-Factor Binding Modes FAN Di§ LIU Zhen-Ming§,* JIN Hong-Wei ZHANG Liang-Ren* (State Key Laboratory of Natural and Biomimetic Drugs, School of Pharmaceutical Sciences, Peking University, Beijing 100191, P. R. China) Abstract: This study developed a mutual recognition of the proteins based on molecular classification, data mining strategies and the statistical clustering method, which was applied to study and classify clusters of coenzyme-A (CoA) binding proteins with their binding patterns extracted by using Pocket1.0 program. Several strategies have been evaluated for the accuracy of the system analysis and the