黑线仓鼠PRLR基因的克隆及其SNPs分析.pdfVIP

摘 要 本研究采用基因克隆的方法首次扩增出黑线仓鼠PRLR基因5’端序列 片段的有效长度为379 吴村黑线姬鼠和昆明小鼠PRLR基因的同一区域也进行了克隆和分析。利用 Chromos、Clustal 对山东省曲阜吴村、临沂沂南、潍坊临朐三个种群的黑线仓鼠种群之间及黑线仓 鼠与吴村黑线姬鼠、昆明小鼠之间的单核苷酸多态性(SNPs)进行了分析研究， 为深入研究黑线仓鼠PRLR基因对繁殖性能的作用机制奠定一定的理论基础。 探讨不同地理种群黑线仓鼠之间和不同鼠种之间遗传结构的差异对种群的繁殖 特征、扩散机理、地理分布等的影响，检验遗传因素在黑线仓鼠种群发生中的可 能作用。进而为鼠类种群的周期性波动，揭示其种群大暴发的机理方面积累一些 分子水平的资料。 1本实验共得到黑线仓鼠98个序列，有8个多态性位点，10种单倍型 部分序列与其它物种相应区域的同源性比较结果：黑线仓鼠与人、大鼠、小鼠、 猕猴、黑猩猩、苏门答腊猩猩PRLR基因核苷酸同源性为82．1％～93．4％；exonl 同源性为79．8％-91．4％。序列比对结果与物种亲缘关系的远近基本一致，同 时证明了PRLR基因exonl有较大的可变性，因此认为成功克隆了黑线仓鼠 的PRLR基因部分序列。该序列可用作物种间亲缘关系和遗传距离研究的理想 标记。 2黑线仓鼠不同地理种群间核苷酸序列的同源性很高，介于99．7-100％。 三个地理种群中临朐的遗传多样性水平最高，但相互比较差异均不显著(P O．05)。对核苷酸序列进行统计分析，多态位点比例(P)为0．53％～2．11％； 态变化位点的群体动态参数(0∞)则为临胸沂南吴村。将3个地理种群 的序列综合比较显示，在98条核苷酸序列中，多态位点比例为2．11％；Pi为 朐种群与吴村、沂南种群的遗传分化指数都比较高，说明其序列与后两者之间 有较大差异。吴村种群与沂南种群的遗传分化指数为负数，说明这两个种群间 的差异较小。三个地理种群问的核苷酸歧异度(Nucleotide divergence，Dxy)比 较发现临朐与吴村种群的序列差异更大。地理隔离可能是引起其遗传差异的主 要原因。 3实验共测得黑线姬鼠序列33个，有10个多态性位点和10种单倍型 (GenBank注册序列号：FJ712232--FJ712241o其种内序列问的相似度为99．O～ 100％，平均相似度为99．55％，其差异主要由28 bp～-41bp之间微卫星序列中 碱基A重复数目的不同造成的。测得昆明小鼠序列37个，有1个多态性位 点，2种单倍型。 (GenBank注册序列号： 源性为99．99％。 4比较克隆得到的黑线仓鼠、黑线姬鼠和昆明小鼠PRLR基因序列：同源 性为95．09％，在57 bp--一130bp序列高度保守，说明进化速率较慢，适于鼠类 系统进化分析；其中黑线仓鼠在22 bp、56bp、131bp等共19处与黑线姬鼠、 小鼠不同。黑线姬鼠在29 bp、163bp、172bp等共6处与黑线仓鼠、小鼠不 同。小鼠在153 bp、182bp、196bp等共7处与黑线仓鼠、黑线姬鼠不同。 此外在243 bp，246bp、295bp、326bp处三鼠种序列的碱基均不同。这一结 果表明黑线仓鼠的PRLR基因片段与黑线姬鼠和小鼠存在明显的种间差异性。 在242 bp--一245bp、287bp处只有黑线仓鼠PRLR基因序列发生碱基缺失变 异，在246 bp只有黑线姬鼠序列发生碱基插入变异，昆明小鼠在153bp、196 bp、232bp等处发生碱基转换变异，在182bp处发生碱基的插入突变。NJ系 统树和UPGMA聚类分析表明，昆明小鼠和黑线姬鼠亲缘关系更近，而与黑线 仓鼠亲缘关系较远，符合生物学分类规律。 关键词：黑线仓鼠；黑线姬鼠；昆明小鼠；PRLR；克隆；SNPs lI