6羟甲基7，8二氢喋呤磷酸化酶的分子对接和分子动力学模拟的研究.pdf

摘要 摘要 本论文主要围绕HPPK酶及其复合物、突变体进行了理论计算方面的研究， 主要包括分子对接和动力学模拟两个部分；另外，对定量结构一活性，性质关系 这一方法进行了部分改进，概述如下： 第一部分主要是使用DOCK4．0程序基于HPPK酶进行了分子对接研究。 首先从受体表面的表征方法(connolly、dins)、活性部位的大小来看对对接结 果的影响，发现在合适的活性部位大小，调整各种重要的参数条件下，使用 connolly受体表面表征方法得到的对接结构比较稳定，而且晶体结构的重现性 较好，rmsd为2．93A，接近2A，但仍没有达到2A以内，仍然没有达到进行数 据库的参数标准。 然后保留活性部位的金属镁离子，加入其参数，对HPPK复合物晶体结构 进行分子对接研究，以HPPK和含有金属离子M92+的HPPK为受体，底物HP 的类似物为配体进行了分子对接，同时并考虑了活性口袋的大小。发现活性部 位对对接结果有一定的影响，而金属离子M92+在HPPK中是主要的催化中心， 通过形成配位复合物，将底物与酶结合在一起，从而使酶蛋白的构象稳定于催 化活性形式，在对接中起着非常重要的作用，使晶体结构的重现性rmsd值在