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setwd( )：设定R软件当前工作目录。 getwd( )：查看R软件当前工作目录。 list.files( ): 查看当前目录下文件。 file.show( ): 显示文件。 file.access( ): 查看文件是否可读可写。 file.create( ): 创建一个文件。例如：file.create(“D:/lesong.xls”). dir.create( ): 创建一个目录。例如：dir.create(D:/lesong). file.remove( ):删除一个文件。 File.choose( ):选择一个文件。 读数据函数read.table( ) 主要参数解释： read.table(file, header = FALSE, sep = , quote = , ?????????? dec = ., row.names, col.names, ?????????? as.is = !stringsAsFactors, ?????????? na.strings = NA, colClasses = NA, nrows = -1, ?????????? skip = 0, check.names = TRUE, fill = !blank.lines.skip, ?????????? strip.white = FALSE, blank.lines.skip = TRUE, ?????????? comment.char = #, ?????????? allowEscapes = FALSE, flush = FALSE, ?????????? stringsAsFactors = default.stringsAsFactors(), ?????????? fileEncoding = , encoding = unknown) header:逻辑参数。指定是否文件第一行为变量名。 na.strings:指定缺失文字。 skip:指定读数据跳过的行数。 nrows:指定数据读入最大的行数。 dec：指定小数点记号。 sep：指定数据分割字符。 row.names与col.names:赋予数据行名和列名。 读入数据其他相关函数： readLines():按行读入数据文件。类似perl读数据方式。 scan( ):将数据读作一行向量形式。 read.delim(educ_scores.txt):读入文本文件(制表符分隔)。 read.csv(educ_scores1.csv)：读入CSV(逗号分割)。 readBin( ):读入二进制数据。 readChar( ):读入字符型数据。 attach( ): 把数据框的变量链接到内存中. 一般作图函数plot（）主要参数解释： plot(x, y = NULL, type = p,? xlim = NULL, ylim = NULL, ???? log = , main = NULL, sub = NULL, xlab = NULL, ylab = NULL, ???? ann = par(ann), axes = TRUE, frame.plot = axes, ???? panel.first = NULL, panel.last = NULL, asp = NA, ...) type:设置图形类型。具体为： type=“p“???????????? 点图 type=“l“????????????? 线图 type=“b“???????????? 点和线 type=“c“???????????? 去掉点只有线段 type=“o“???????????? 线穿过点 type=“h“???????????? 从各点到x轴的垂线段 type=“s“???????????? 基于左侧值的阶段图 type=“S“???????????? 基于右侧值的阶段图 type=“n“???????????? 只有轴，没有具体图形 xlim和ylim:设置图形x轴与y轴的范围。比如xlim(0,30). log：数据取对数。 main:设置图形的上标题。比如说：main=”Genomics analysis” sub: 设置图形的小标题。比如说：sub=”another title”. ann: 逻辑参数。设置是否将系统默认的图形标签显示出来。比如：ann=F. lty: 设置线的类型。比如：lty=4. xlab和ylab：设置x轴与y轴的lable。比如xlab=”sample one”. frame.plot:逻辑参数。设置图形是否输出外框。比如：frame.plot=F. axes:逻辑参数。设置图形是否显示x轴和y轴。比如：axes=F. asp:设置图形屏幕高宽比（y