第八章遗传多态性及正向选择检测-浙江大学生物信息学研究所.pdfVIP

浙江大学/bioinplant/ 《生物信息学札记》 樊龙江 第八章 遗传多态性及正向选择检测 《物种起源》的发表距今刚好150周年，进化理论的发展也经历了一个漫长而 曲折的过程。以哈迪温伯格遗传平衡定律为基础，群体遗传学三巨头：Fisher ， Haldane和Wright 建立了群体遗传学的数学基础和理论框架。群体遗传学以数学和 统计学的手段研究群体结构的变化，对影响群体结构的因素如环境、遗传变异、 遗传漂变、迁移进行了研究。分子群体遗传学在自然选择进化论与Kimura 中性进 化论的争议声中不断发展。在经典群体遗传学的基础上，以DNA等分子序列为研 究对象的分子群体遗传学为种群演化的研究提供了数据来源，并将研究领域扩展 到新的层次。伴随着中性理论的挑战和分子群体遗传学的发展，自然选择本身也 在不断发展，选择的概念不断细化，正向选择，负向选择，平衡选择等不同进化 方式的机制得到深入的研究。尤其是受正向选择位点为揭示一些重要的基因座位 的进化历史和遗传动力提供了重要的信息。随着大量分子水平上检测到自然选择 作用的证据出现，Ohta对中性理论进行了修改，提出了“近- 中性”进化理论 （near-neutrality ），认为“突变-漂变-选择”三者在分子进化中同时起作用。自然 选择在进化中的作用仍然被多数学者所认可。而如今，伴随着群体数据的激增和 基因组计划的实施，大规模的正向选择作用的调查表明自然选择在物种形成与进 化过程中起着更为重要而广泛的作用。 分子群体遗传学内容丰富，本章将主要从一些基本概念和正向选择的检测方 法出发，从群体遗传多态性，变异频率谱线，同义突变和非同义突变比率，单体 型和连锁不平衡度，群体结构等群体特征的角度介绍相关的概念，思路，工具和 方法。由于分子群体遗传学涉及的知识点很多，发展也很迅速，因此短短的一章 内容是无法涵盖这一领域所有的概念或知识，应该再参考《分子进化与系统发育》 等群体遗传学领域的专著以及其他相关文献进行更加系统的学习。希望本章的简 要介绍能为国内对相关领域感兴趣的学生提供一些参考。 第一节群体遗传多态性估算 119 浙江大学/bioinplant/ 《生物信息学札记》 樊龙江 大多数生物的自然群体具有大量的遗传变异。对于一个编码蛋白质的遗传座 位，在群体中通常含有两个或多个等位基因 （allele ）。在一个群体中，存在两个和 多个有着相当高频率（通常大于1%）的等位基因时称为遗传多态性。遗传多态性 的产生机制有很多，如核苷酸替代、插入、缺失、转换和等位基因间的重组等。 大多数新突变由于遗传漂变或净化选择作用从群体中淘汰掉，只有极少数突变在 群体中保留下来。对遗传多态性的产生和维持以及群体水平上的进化机制研究是 群体遗传学的主要课题，正如Kimura 和Ohta (1971)所指出的，基因的长期进化和 遗传多态性仅仅是同一个进化过程中的两个方面。中性学说理论认为，分子水平 上的遗传变异在很大程度上是中性的，变异程度主要由突变速率和有效群体大小 决定（Kimura and Crow, 1964; Nei, 1987 ）。因此，通过比较观察到的和预测的遗传 变异来验证中性进化这一假说。如果观察和预测值之间的差异显著，就有可能存 在某种选择作用。一个群体的遗传多态性通常是指等位基因频率或者核苷酸多态 性，两者在选择作用的检验方面都有不同的应用。 一. 影响群体遗传多样性的因素 群体或称种群（population ），在进化过程中受各种因素的影响，反映在其遗 传结构上就产生了复杂的遗传构成。这些因素包括突变 （mutation ）、种群历史 （demographic history ）、遗传漂变 （genetic drift ）、自然选择 （natural selection ）、 重组 （recombination ）等等，他们对群体的遗传构成产生不同方面的影响。 一般认为，突变为物种的进化提供了物质基础, 增加了遗传的多样性，是进化 的主要动力。 在一个小群体内，因为每个个体的后代存活数量存在差异，而每个个体在同一 遗传座位上可能携带不同的等位基因，每代传递到下一代个体的基因频率，会产 生较大误差，由这种抽样误差引起群体基因频率的随机变化，叫做遗传漂变。遗 传漂变主要受有效种群大小影响,