玉筋鱼与赤魟的分子系统地理学研究.pdf

万方数据 万方数据 玉筋鱼和赤魟的分子系统地理学研究 玉筋鱼和赤魟的分子系统地理学研究 摘要 玉筋鱼（Ammodytes personatus ）是西北太平洋重要的饵料与经济鱼类，在 分布范围内存在分化较大的南、北两个世系，与同属的太平洋玉筋鱼（Ammodytes hexapterus ）在形态特征上极为相似。赤魟（Dasyatis akajei ）为西北太平洋的一 种暖温性底层软骨鱼类，在广西淡水水系中亦有分布。本研究对两种玉筋鱼的线 粒体基因组结构和组成进行了分析与比较，并在线粒体基因组水平上探讨了玉筋 鱼南、北世系的分化程度。综合运用线粒体DNA 控制区序列、AFLP 和微卫星 标记，系统开展了赤魟的遗传多样性、群体遗传结构及系统地理格局研究，同时 分析了5 种魟属鱼类的系统进化关系。主要结果如下： 1．玉筋鱼和太平洋玉筋鱼线粒体基因组特征分析 本研究扩增得到太平洋玉筋鱼和玉筋鱼南、北世系线粒体基因组全序列，全 长分别为16,527bp, 16,537bp 和16,527bp，玉筋鱼北方世系和太平洋玉筋鱼的各 序列片段长度一致，与玉筋鱼南方世系仅在 16S rRNA 和控制区上分别存在2bp 、 8bp 的插入缺失。三者线粒体基因组包括 13 个蛋白质编码基因、22 个tRNA 基 因、2 个rRNA 基因和2 个非编码区（控制区和OL ），其排列顺序与大多数脊椎 动物相一致。在碱基组成上，GC 含量在两条链中均具明显偏倚，但AT 含量相 差不大，H 与L 链蛋白质编码基因密码子第三位点分别呈现明显的反G 和反C 偏倚，并反映在以相同碱基结尾的密码子使用偏好上。三者蛋白质编码基因的起 始密码子完全相同，除COI 以GTG 为起始密码子外，其余均以ATG 为起始密 码子；终止密码子包括 TAA、TAG、AGG 、TA-和 T--五种类型，仅在 ND1 和 ND5 基因中，太平洋玉筋鱼的终止密码子不同于玉筋鱼南、北世系。Ka/Ks 计算 结果显示，大多数蛋白质编码基因均受到极显著的纯化选择作用（P0.01 ），仅 ATP8 基因受到的选择压力相对较小。除了tRNASer(AGY)外，其余tRNA 均能形成 稳定的茎环结构，三者在tRNA 上的碱基替换大多发生在环区。在控制区识别了 终止序列区、中央保守区（CSB-F~-A ）和保守序列区（CSB-1~-3 ）；在终止序列 区中，三者的TAS 重复数不同。 I 万方数据 玉筋鱼和赤魟的分子系统地理学研究 2 ．基于线粒体基因组全序列的玉筋鱼南、北世系遗传分化 玉筋鱼不同群体的线粒体基因组全序列分析结果显示玉筋鱼南、北世系多个 个体在16S rRNA 基因长度上均相差2bp 。玉筋鱼南、北世系线粒体基因组全序 列间呈现出较大的歧义度，除ATP8 和ATP6 基因外，玉筋鱼南、北世系间序列 变异水平与玉筋鱼南方世系和太平洋玉筋鱼间同源序列变异水平相当，较玉筋鱼 北方世系与太平洋玉筋鱼间同源序列变异水平高，而各世系内同源序列的变异不 大。联合线粒体基因组中各进化速率不同的片段，利用贝叶斯联合模型分析方法 重建了玉筋鱼南、北世系和太平洋玉筋鱼的系统进化关系，结果显示玉筋鱼北方 世系与太平洋玉筋鱼的亲缘关系较近，而与玉筋鱼南方世系的亲缘关系较远，玉 筋鱼南、北世系间高度分化，其分化程度已达到种间水平。 3 ．赤魟的分子系统地理学研究 （1）对 7 个赤魟群体的线粒体 DNA 控制区序列分析结果显示，赤魟具有 较高的遗传多样性，没有检测到与地理相对应的谱系结构，大部分海水群体（台 州、温州、宁德和漳州）间存在显著