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提高细菌视紫红质热稳定性的理性设计 提高细菌视紫红质热稳定性的理性设计 摘要 细菌视紫红质(BR)是一种具有优良的光学性能的生物膜蛋白，它还具有极快的 反应速度和高的空间分辨率、高灵敏度以及高的重复循环茨预‘■茬光电探测、光开关、 非线性光学、光学信息存储和处理以及光全息等方面有广阔的应用前景。(然而，一种 蛋白质，无论其应用前景如何广泛，如果不能被稳定地分离纯化，或稳定地保存，也 必将毫无价值。这就是BR的耐热性研究非常重要和有意义的首要原因。另一方面，BR 在分子电子器件、光存储材料等方面的应用迫切需要高热稳定性的BR分子。／——6～ 本文的研究思路是用氨基酸替换提高细菌视紫红质的热稳定性，具体采用统计分 析和能量计算相结合的方法。(一个BR分子由248个氨基酸组成，在目前还未弄清决 定BR热稳定性的关键区域的情况下，若以每个氨基酸为对象进行定点突变，实验量 过于庞大而难以实现。P—芍 本文在深入了解细菌视紫红质的序列、空间结构和功能位点的基础之上，结合对 影响蛋白质热稳定性因素的分析，提出了氨基酸替换的四种原则。同时，基于对细菌 视紫红质的序列、结构和功能位点的了解，提出了两个可能决定热稳定性的区域，作 为突变区。然后，对每一个突变区域分别进行建立突变模型、筛选突变模型和组合突 变的处理，最后将组合突变的结果进行排序和分析。 (具体的实现过程分三步走：第一步：建立突变模型，包括确定突变位置和突变方 向，确定突变方向就是确定突变后的氨基酸范围。第二步：筛选突变模型，主要采用 有两个评价标准，形成跨膜螺旋的残基串倾向性和分子能量。选择形成跨膜螺旋的残 基串倾向性是为了保证突变后的蛋白质能形成稳定的构象。选择分子能量作为评价标 准的理论基础是，蛋白质的活性构象对应于体系自由能最小的状态，在某种条件下也 可认为是能量最小的状态。第三步：组合突变，将每个突变区域中候选的突变位置和 突变方向进行组合，计算组合突变后的构象能量，并将结果进行排序。最后，本文筛 选出10个左右的氨基酸替换，为后续的实验指明方向。 本文提出的统计跨膜螺旋的残基串倾向性和现有方法的不同之处在于，现有的方 法一般只给出单个残基的倾向性因子，而且统计样本来自球蛋白。由于平均来讲，球 蛋白有一个疏水核心，而整个膜蛋白都是疏水的，因此其统计结果不能应用于细菌视 紫红质这样的膜蛋白。本文的统计样本来自41个已经『F确解析出空间结构的跨膜蛋 白，不仅统计了单个残基的倾向性因子，还统计了残基串为2-6的倾向性因子，考虑 到了氨基酸之间的相互作用，结果更具参考价值。卜—j歹一 关键词：细菌视紫红质，热稳定性，残基串倾向性，构象能量，组合突变 提高细菌视紫红质热稳定性的理性设计 DESING0FENHANCING RATIONAL BACTERl0RHODOPSnV ABSTRACT iSa hasann transmembranewhich excellent Bacteriorhodopsin(BRlprotein optical alsohas suchas resolution， property．Itadvantagesquickresponse speed，highspace and ithaswide in sensitivityhigh high eyclicity．So application potential switch，non·linear infor