iTRAQ定量蛋白质组学结题报告.pdf

蛋白iTRAQ 定量分析 年 月 日 目录 1 排版约定 1 2 iTRAQ 定量蛋白质工作流程2 2.1 实验流程3 2.2 信息分析流程4 2.3 iTRAQ 定量原理5 3 标准生物信息分析7 3.1 原始质谱数据7 3.2 数据库的选择7 3.3 Mascot 搜索8 3.4 鉴定质量评估8 3.5 重复性分析 10 3.6 蛋白质鉴定 11 3.7 蛋白质定量 15 3.8 GO 分析 17 3.9 COG 注释 19 3.10 Pathway 代谢通路注释 19 3.11 差异蛋白的GO 富集分析20 3.12 差异蛋白的Pathway 富集分析20 4 高级信息分析21 4.1 多样品间表达模式聚类21 4.2 蛋白组与转录组关联分析22 4.3 蛋白相互作用网络分析24 5 文件下载24 6 文件格式说明25 6.1 蛋白鉴定及定量25 6.2 GO 功能注释26 6.3 COG 功能注释26 6.4 Pathway 功能注释27 6.5 差异蛋白的GO 富集分析27 6.6 Pathway 富集分析28 7 联系我们29 8 参考文献29 1 排版约定 本文档使用以下排版约定如表1.1： 表1.1 排版符号约定 符号名称 符号说明 三号黑体字 一级标题 小三黑体字 二级标题 小四字体 三级标题 五号字体 正文 小五字体 图表注释 1 2 iTRAQ 定量蛋白质工作流程 同重同位素相对与绝对定量（Isobaric tags for relative and absolute quantitation，iTRAQ ） 技术是可以在一次实验中进行多达八个样品的蛋白质组定量技术，该定量方法几乎可以对任 何蛋白样品进行定量分析，具有高定量精度的特点，目前已经越来越广泛的应用于定量蛋白 质组学领域。 2 2.1 实验流程 图2.1 实验流程 该图显示iTRAQ定量蛋白质组学实验的基本流程。第一步，从样品中提取蛋白。第二步，对提取后的 蛋白样品进行还原烷基化处理，打开二硫键以便后续充分酶解蛋白。第三步，用GE公司的2D quant kit法 进行蛋白质的浓度测定。第四步，等体积进行SDS （十二烷基磺酸钠）电泳。第五步，酶解蛋白。第六步， 用iTRAQ试剂标记肽段。第七步，将标记后的肽段进行等量混合。第八步，对混合后的肽段使用强阳离子 3 交换色谱（Strong Cation Exchange Choematography，SCX ）进行预分离。第