大熊猫源犬瘟热病毒基因组遗传特征分析.pdfVIP

中国农业科学 2015,48(7):1445-1452 Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2015.07.19 大熊猫源犬瘟热病毒基因组遗传特征分析 1 2 2 1 2 2 1 2 金艺鹏 ，刘巧荣 ，孙 明 ，乔雁超 ，乔明明 ，刘伯华 ，林德贵 ，陈西钊 1 2 （中国农业大学动物医学院，北京 100193 ； 北京世纪元亨动物防疫技术有限公司，北京 100094 ） 摘要：【目的】对首次暴发的大熊猫源性犬瘟热病毒（panda derived-canine distemper virus,P-CDV）全 基因组进行克隆测序，以了解大熊猫源 CDV 的全基因组遗传变异情况，进一步追踪感染源，为大熊猫犬瘟热防控 提供理论依据。【方法】根据GenBank公布的 CDV全基因组序列设计17对特异性引物，利用RT-PCR技术，从感染 犬瘟热病毒的大熊猫肺渗出液中分片段扩增 CDV 全基因序列，并克隆到 pMD19-T 载体中；经测序、拼接，获得第 一个P-CDV全长cDNA序列；利用DNAman生物学分析软件分别对全基因组序列、H蛋白基因序列、F蛋白基因序列、 P 蛋白基因序列、M 蛋白基因序列等进行遗传变异分析，构建系统进化树。【结果】经序列测序和拼接，大熊猫 源犬瘟热病毒全基因组长 15 690 nt，GenBank 登录号为 KP677502，主要编码 6 种蛋白，分别是 N 蛋白、P 蛋白、 M 蛋白、F 蛋白、H 蛋白和 L 蛋白，在各个基因及间隔区中未发现碱基插入和缺失。遗传进化分析显示，P-CDV 全基因组与 20 株代表性 CDV 全基因组序列同源性为 91.5%—98.7%，P-CDV 与强毒株 MKY-KM08（HM852904）、PS、 HLJ1-06（JX681125）、Hebei（KC427278）以及 AC96I-H358（AB753776）在一个大的分支上，与 PS 株（JN896331） 亲缘关系最近，同源性为 98.7%，与标准野毒株 Strain A75-17（AF164967）同源性为 95.7%，与疫苗株 CDV3 （EU726268）亲缘关系较远，同源性为 91.5%。H 蛋白氨基酸序列分析和系统进化树表明，大熊猫源犬瘟热病毒 属于强毒株，基因型为 Asia-I 型。P-CDV 各蛋白基因与 20 株代表性的毒株相比有 9 处氨基酸发生了变异，与 GenBank 上现有的 CDV 序列相比，其中 3 处是独有的，分别是：F 蛋白基因的 208 位由 N（Asn，天冬酰胺，强 毒株多为 N）或 K（Lys，赖氨酸，弱毒株多为 K）变成了 S（Ser，丝氨酸），第 215 位由 S 变成了 A（Ala，丙 氨酸），P 蛋白基因的 58 位由 Q（Gln，谷氨酰胺）变成 K（Lys，赖氨酸）。【结论】成功克隆了大熊猫源犬瘟热 病毒的全基因，并完成了序列分析，发现了在 F、P 基因上碱基的重要变异。这些数据将为研究大熊猫犬瘟热的 遗传变异和流行特征提供分子生物学依据。 关键词：犬瘟热病毒；大熊猫；全基因组测序；序列分析 Genomic Characterization of the Newly Emerged Canine Distemper Virus in Giant Panda 1 2 2 1 2 2 JIN Yi-peng , LIU Qiao-rong