黄瓜基因组中抗霜霉病候选基因的生物信息学及其表达特异性.pdfVIP

中国农业科学 2013,46(19):4066-4074 Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2013.19.012 黄瓜基因组中抗霜霉病候选基因的生物信息学 及其表达特异性 1,2 1 1 1 1 刘大军 ，秦智伟 , 周秀艳 ，武 涛 ，辛 明 1 2 （东北农业大学园艺学院，哈尔滨 150030； 哈尔滨市农业科学院，哈尔滨150029） 摘要：【目的】寻找黄瓜抗霜霉病基因，研究黄瓜抗霜霉病机制。【方法】利用拟南芥和甜瓜抗霜霉病蛋白质 序列，搜索黄瓜基因组数据库；通过生物信息学分析候选基因特征，以黄瓜抗霜霉病自交系M801-3-1 为试材，分 析候选基因在叶片组织中的表达状态。【结果】共获得187 个黄瓜抗霜霉病候选基因；确定了候选基因染色体位置 和排列特点、序列相似性特征以及系统进化关系；大部分黄瓜R 基因在未接种霜霉病菌的抗病自交系和感病叶片 组织中都有一定的表达量，在接种霜霉病菌后在抗病自交系M801-3-1 中Csa001907 和Csa002921 表达量下调，感 病自交系M302-3 中Csa001907 和Csa002921 变化不明显。【结论】在黄瓜基因组中存在185 个与拟南芥抗霜霉病 基因同源的R 基因，2 个与甜瓜的抗霜霉病基因At1 和At2 同源的eR 基因，通过聚类分析这些基因可以分为6 类， 初步认定Csa001907 和Csa002921 为黄瓜抗霜霉病的R 基因，这2 个基因在叶片组织中有一定表达量，其表达量 减少可诱发抗病黄瓜品种的抗病反应。 关键词：黄瓜；抗霜霉病基因；RT-PCR；表达分析 Bioinformatics of Downy Mildew Resistance to Cucumber Candidate Genes and Specific Expression in Organise 1,2 1 1 1 1 LIU Da-jun , QIN Zhi-wei , ZHOU Xiu-yan , WU Tao , XIN Ming 1 2 ( College of Horticulture, Northeast Agricultural University, Harbin 150030 ; Harbin Academy of Agricultural Sciences, Harbin 150029) Abstract: 【Objective 】The objective of this study is to investigate the downy mildew resistance genes in cucumber, and to clarify its molecular mechanism. 【Method 】Cucumber candidate genes with resistance against downy mildew were identified from the cucumber genome database a