鸡Lpin1基因3prime;-UTR遗传变异及其对miRNA结合位点的潜在效应.pdfVIP

中国农业科学 2012,45(8): 1613-1620 Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2012.08.017 鸡Lpin1 基因3′-UTR 遗传变异及其对miRNA 结合位点的潜在效 应 1 2 2 2 2 2 2 李素雅 , 张建宏 , 陈 文 , 黄艳群 , 孙桂荣 , 韩瑞丽 , 康相涛 1 2 （河南农业大学生命科学学院，郑州 450002 ； 河南农业大学牧医工程学院/家禽种质资源创新工程中心，郑州 450002 ） 摘要：【目的】研究鸡Lpin1 基因3′-UTR 遗传变异/单倍型及其在品种间的分布，并预测这些变异对miRNA 结 合位点的潜在效应。【方法】根据鸡Lpin1 基因组序列（GenBank 登录号：NC_006090）设计一对特异性引物，采 用PCR 直接测序结合克隆测序的方法，进行鸡Lpin1 基因3′-UTR 及其邻近外显子在品种间的遗传变异/单倍型分 析。【结果】①从6 个品种中发现了8 个变异位点，包含两个插入/缺失变异。这些变异均位于鸡Lpin1 基因的3′-UTR， 3′-UTR 的变异频率为17SNPs/kb；②在鸡Lpin1 基因3′-UTR 区域，从固始鸡、卢氏绿壳蛋鸡中分别检测到7 个变 异位点，未检测到河南斗鸡品种内的变异；③用次要等位基因频率≥5%的6 个变异位点（g.11A＞T，g.77C＞G， g.108_109delinsG，g.110_111delinsG，g.270A＞G 和g.348G＞T）进行单倍型的构建和分析，从6 个品种鸡中共 检测到6 种单倍型，其中P1 和P4 单倍型是群体的优势单倍型，频率均大于30%，河南斗鸡仅包含一种单倍型； ④g.77C＞G 变异可引起多个miRNA 结合位点的增加/丢失。【结论】鸡Lpin1 基因3′-UTR 具有丰富的变异，3′-UTR 变异位点/单倍型在品种间的分布存在明显的差异。 关键词：鸡; Lpin1 基因; 3′-UTR; 遗传变异; miRNA 靶位点 Genetic Variation Analysis of 3′-UTR Region of Chicken Lpin1 Gene and the Potential Effect on miRNA Binding Sites 1 2 2 2 2 2 2 LI Su-ya , ZHANG Jian-hong , CHEN Wen , HUANG Yan-qun , SUN Gui-rong , HAN Rui-li , KANG Xiang-tao 1 2 ( College of Life Sciences, Henan Agricultural University, Zhengzhou 450002; College of Animal Science and Veterinary Medicine, Henan Agricultural University/Henan Research Center of Breeding Resources for Poultry, Zhengzhou 450002) Abstract: 【Objective 】 This experiment was conducted