西瓜遗传图谱构建及果实相关性状QTL分析.pdfVIP

中国农业科学 2014,47(14):2814-2829 Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2014.14.012 西瓜遗传图谱构建及果实相关性状QTL 分析 刘传奇，高 鹏，栾非时 （东北农业大学园艺学院，哈尔滨150030） 摘要：【目的】利用CAPS 及SSR 标记构建西瓜遗传图谱，对西瓜果实相关性状进行QTL 分析，为西瓜果实性 状改良、主效基因精细定位及克隆奠定基础。【方法】授粉后40 d 对母本PI186490、父本LSW-177 以及两者杂交 获得的F 群体的果实进行采摘，对每个果实的果形指数、中心和边缘可溶性固形物、中心和边缘果肉硬度、果皮 2 硬度、种子长度、种子宽度、种子厚度以及种子百粒重进行调查，将所得数据用软件SPSS19 进行统计分析。通过 Illumina HiSeq 2000 高通量测序平台对两亲本材料进行基因组重测序，每样品产出10 G 数据量，覆盖西瓜基因 组20 ×以上，所得数据以已经发布的基因组数据为参考基因组，用bwa 软件进行基因组组装，组装后利用Samtools 软件进行SNP 发掘，利用perl 语言自编脚本提取SNP 位点前后 1 000 bp 的序列，将SNP 及其侧翼序列输入软件 SNP2CAPS 以转化为CAPS 标记。在每条染色体上平均选取20 个CAPS 酶切位点，利用Primer Premier 5 软件在突 变位点上下游100-500 bp 左右设计CAPS 引物，进行PCR 扩增和酶切检验，酶切产物用1%琼脂糖凝胶电泳检测。 SSR 引物来源于前人发表文献，PCR 扩增产物用聚丙烯酰胺凝胶电泳检测。对所有分子数据进行卡方检验，在其中 选择符合1 ﹕2 ﹕1 比例的标记用于构建遗传连锁图谱。利用Mapmaker/Exp version 3.0 软件构建遗传连锁图谱， 用Group 命令对标记进行连锁分组，标记数目少于 8 的连锁群用Compare 命令进行排序优化，标记数多于 8 的连 锁群用Try 命令排序。绘制遗传图谱使用Map Chart 2.1 软件。QTL 分析运用QTL Network 2.0 软件，利用置换 测验做1 000 次重复，临界阈值为P=0.005，采用复合区间作图法，在每条染色体上以1.0 cM 步行速度在全基因 组范围内扫描，分析QTL 加性效应和上位效应。【结果】本遗传连锁图谱共包含 16 个连锁群，涉及CAPS 标记 87 个，SSR 标记9 个，覆盖基因组1 484.3 cM，平均图距15.46 cM。利用QTL Network 2.0 分析，检测到6 个西瓜 果实相关性状的8 个QTL 位点和1 对上位效应位点，其中包括果形指数QFSI 1、中心可溶性固形物QCBR、中心果 肉硬度QCFF、边缘果肉硬度QEFF、种子长度QSL 各 1 个，种子宽度QSWD 1、QSWD 2、QSWD 3 3 个；上位效应位 点包括果形指数FSI 2、FSI 3。表型贡献率大于等于10%的QTL 有6 个，可解释 11.7%—18.8%的遗传变异。【结 论】以CAPS 标记为主要标记构建西瓜遗传图谱，并且定位了控制西瓜果实相关性状的8 个加性QTL 与1 对上位性 QTL，可用于进一步精细定位与克隆西瓜果实优良性状基因。 关键词：西瓜；遗传连锁图谱；CAPS；QTL Construction of a Genetic Linkage Map and QTL Analysis of Fruit-Associated Traits in Watermelon LIU Chuan-qi, GAO Peng, LUAN Fei-shi (Horticulture College, Northeast Agricultural University, Harbin 150030) Abst