西门塔尔牛肌内和皮下脂肪miRNA表达谱及miR-27b靶基因分析.pdfVIP

中国农业科学 2013,46(18):3894-3900 Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2013.18.020 西门塔尔牛肌内和皮下脂肪miRNA 表达谱 及miR-27b 靶基因分析 汪海洋, 郑 月, 李惠侠, 韩兆玉, 王根林 （南京农业大学动物科技学院，南京210095 ） 摘要：【目的】通过分析西门塔尔牛肌内脂肪和皮下脂肪差异表达miRNA，及对重要的候选miRNA-27b 进行靶 基因预测及相关生物信息学分析，探索miRNA 在动物肌内脂肪生长、发育过程中的作用及其调控机制。【方法】利 用miRNA 微阵列芯片技术对肌内脂肪和皮下脂肪miRNA 表达谱进行检测和分析以筛选差异表达miRNA；qRT-PCR 方 法验证4 个在肌内脂肪显著高表达的候选miRNAs；采用Targetscan 生物信息学计算方法预测目标miR-27b （对肌 内脂肪沉积可能起重要调节作用）的靶基因，并对靶基因进行GO 注释描述、富集分析及KEGG 富集。【结果】miRNA 芯片分析发现肌内脂肪和皮下脂肪共有88 个差异表达极显著miRNA （P＜0.01）。候选的4 个在肌内脂肪高表达 miRNAs （miR-140、miR-145、miR-143、miR-27b）的qRT-PCR 检测结果与芯片分析结果具有很好的一致性。KEGG 富集显示，目标miR-27b 的预测靶基因在MAPK、Wnt、Hedgehog、TGF-beta、GnRH 等信号通路中显著富集，其中 在MAPK 信号通路中富集度最高。【结论】牛肌内脂肪和皮下脂肪组织中确实存在一些差异表达的miRNAs，某些重 要的在差异高表达miRNA （如miR-27b）可能以独特的通路（如MAPK 信号）来调节牛肌内脂肪的形成过程。 关键词：肌内脂肪; 差异miRNA; 靶基因; 信号通路 Profiling of Differential Expressed MicroRNA in Intramuscular Fat and Subcutaneous Fat of Simmental and Bioinformatic Analyses of miR-27b Target Gene WANG Hai-yang, ZHENG Yue, LI Hui-xia, HAN Zhao-yu, WANG Gen-lin (College of Animal Science and Technology, Nanjing Agricultural University, Nanjing 210095) Abstract : 【Objective 】 In order to explore the role of microRNA in the growth and development process and its regulatory mechanism in intramuscular fat, the profiling of differential expressed microRNA in intramuscular fat and subcutaneous fat of Simmental were analyzed by microarray and real-time PCR (qRT-PCR). The target genes and signal pathway of miRNA-27b were predicted by bioinformatics software and database. 【Method 】Microarray of bovine microRNA was employed to detect the different