小菜粉蝶颗粒体病毒lef-3基因的克隆与分析.pdfVIP

中国农业科学 2009,42(12):4411-4419 Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2009.12.037 小菜粉蝶颗粒体病毒 lef-3基因的克隆与分析 孟祥坤，贡成良，薛仁宇，曹广力，朱越雄 （苏州大学医学部，江苏苏州 215123 ） 摘要： 【目的】研究杆状病毒lef-3基因的起源与进化，从分子水平明确病毒之间的亲缘关系。【方法】通 过常规 PCR 方法获得小菜粉蝶颗粒体病毒晚期基因表达调控因子 lef-3 的基因片段，克隆后测序，然后利用软件 对 lef-3及编码序列进行生物信息学分析。【结果】克隆得到的PiraGV lef-3基因ORF序列中存在4个突变位点， 但氨基酸性质未发生改变，推导PiraGV LEF-3蛋白含399 个氨基酸残基，分子量为3.99 kD；通过高级结构预测 及其编码序列与其它杆状病毒的LEF-3同源性比对表明，该基因可能编码单链DNA结合蛋白；BLAST比对发现 lef-3 基因只存在于鳞翅目昆虫为宿主的杆状病毒基因组；进化分析表明LEF-3可分为3组，其中GV属的LEF-3聚类为 1 个组，NPV 属的 LEF-3 聚类为 2 个组；GV 的 lef-3 基因编码区的选择压力分析表明，大多数 lef-3 基因间相比 较表现为负向选择，但不同 lef-3 基因间的 Ka/Ks 不同，也有正向选择；起源分析表明，杆状病毒 lef-3 基因可 能来源于细菌。【结论】获得了小菜粉蝶颗粒体病毒（PiraGV）lef-3基因，通过生物信息学分析推测出了 lef-3 基因的起源进化规律。 关键词：小菜粉蝶颗粒体病毒；晚期基因表达调控因子LEF-3；单链DNA结合蛋白；进化起源 Cloning and Sequence Analysis of lef-3 Gene from Pieris rapae Granulovirus MENG Xiang-kun, GONG Cheng-liang, XUE Ren-yu, CAO Guang-li, ZHU Yue-xiong (Medical College of Soochow University, Suzhou 215123, Jiangsu) Abstract: 【Objective 】 To better understand the origination and evolution of lef-3 gene from baculovirus genome and determine the relationships between various viruses at molecular level. 【Method 】 Late expression factor 3 gene (lef-3) fragments of Pieris rapae granulovirus was obtained through conventional PCR method, sequenced after being cloned into T-vector. Then, bioinformatics analysis on lef-3 gene and its encoding sequences were conducted by using bio-softs. 【Result 】 The DNA fragment was cloned and 4 mutations were appeared ,which did not alter the sequences of amino acids. It was inferred that PiraGV LEF-3 prote