克隆文库与系统发育分析详解.pptVIP

克隆文库构建与系统发育分析 刘晶静 2010-5-21 常用分子生物学技术 16S rDNA 克隆文库 构建16S rDNA 克隆文库是微生物分子生态学中用来调查环境中原核微生物组成的常用方法之一 (Microbiol Rev, 1995) 突破了用传统的微生物分离纯化的方法调查环境中微生物多样性时很多微生物无法得到纯培养的限制 广泛运用于土壤、海洋、湖泊、肠道等多种生态系统中微生物多样性的调查(FEMS Microbiol Ecol, 2004) 核糖体RNA 是蛋白质合成必需的，所以它们广泛存在于所有的原核生物中，并且结构和功能都是保守的； 16S rDNA的序列中包括可变区和高变区，因此既可以利用保守区域来设计引物，又可以利用高变区来进行序列间的比对； 它们的序列变化比较缓慢而且在原核生物中不发生水平转移，因此16S rDNA 之间序列的差异可以反映不同生物之间的进化关系 (Annu Rev Microbiol, 1986)。 通过研究基因组中的“biomarker”来研究环境中微生物的多样性的 GenBank / RDPⅡ Ribosomal Database Project Ⅱ /html/ 1. PCR扩增 引物选择 消除artifact chimeria（嵌合体）共扩增造成的嵌合体 heteroduplex（异源双链）序列相近的