基因芯片技术详解.ppt

基因芯片技术 * 9. 农业和畜牧业 利用基因芯片技术，对有重要经济价值的农作物和水果等的基因组进行大规模高通量的研究，筛选农作物的基因突变，并寻找高产量、抗病虫、抗干旱、抗冷冻的相关基因，以开发高技术含量、高附加值的新产品。也可利用基因芯片技术筛选、开发高效低毒的生物农药。 基因芯片技术 * 10. 军事和司法 美国以有部分公司得到政府的资助开发生物战病原体检测系统。在司法领域，国外的公司正在开发便携式DNA芯片检测装置，它可以直接在犯罪现场对可能是疑犯留下来的头发、唾液、血液、精液等进行分析，并立刻与DNA罪犯指纹库系统存储的DNA“指纹”进行比较，以尽快、准确的破案。我国上海的司法部司法鉴定科学技术研究所第一个“罪犯DNA数据库”在99年9月7日通过了专家鉴定，利用DNA破案将成为一种重要的破案手段。另外，基因芯片还可作亲子鉴定等方面的工作。 基因芯片技术 * 11. 在转基因食品检测中的应用 通常转基因食品其原料主要是有外源基因转入植物体或细胞内并表达的农作物。在人工构建的外源转基因载体中，通常要设计装入了基因表达所需的启动子，中止子序列及为了方便转基因作物筛选而整合的报告基因和抗性基因。 基因芯片技术 * 对转基因作物进行鉴定具体步骤如下： (1)转基因食品检测基因芯片的制备：根据食品原料来源的具体情况选择不同检测片段，如植物来源的可选β2葡糖醛酸糖苷酶报告基因(Gus)，卡那霉素抗性基因(Kan)，花椰菜花叶病毒CaMV35S启动子，CaMV35S终止子等。分别设计扩增引物，PCR扩增得到探针，将探针纯化，浓缩后点样于固相支持物上。 (2)转基因食品DNA的提取：转基因食品经预处理(如农作物可用缓冲液浸泡捣碎，过滤离心)，用常规CTAB法即可提取出DNA，烘干后溶于适量三羟甲基氨基甲烷-2-乙二胺四乙酸(Tris2EDTA)缓冲液中。 (3)目的片段的扩增和标记：可采用多重PCR方法对提取的被检测转基因食品DNA样品进行扩增和标记。 (4)杂交和洗涤：将标记的探针变性后铺于芯片微点阵表面，于一定反应条件下进行杂交，反应结束后洗涤晾干。 (5)杂交结果的检测：杂交的具体结果可于基因芯片扫描仪以一定波长进行扫描检测。 基因芯片技术 * 12. 在食品微生物检测中的应用 基因芯片诊断病原菌的原理基于细菌的16SrDNA基因的高度保守性. 对细菌进行鉴别，一方面从高度保守基因序列出发，即以各菌种间的差异序列为靶基因，另一方面选择同种细菌不同血清型所特有的标志基因为靶基因，固着于芯片表面，同时还含有细菌所共有的16SrDNA保守序列以确定为细菌感染标志，不仅敏感度高于传统方法，且操作简单，重复性好。 基因芯片技术 * 博奥生物公司的基因芯片产品 食品安全检测系统 /Exhibit/exhview.asp?pid=203 基因芯片技术 * 基因芯片技术 * 思考题 1. 基因芯片制作与检测流程 基因芯片技术 * 谢谢! 谢谢! 基因芯片技术 * 点样法是将合成好的探针、或PCR 技术扩增cDNA 或基因组DNA 经纯化、定量分析后通过阵列复制器（arraying and replicating device ARD）或阵列点样机（arrayer）及电脑控制的机器人，准确、快速地将不同探针样品定量点样于带正电荷的尼龙膜或硅片等相应位置上，再由紫外线交联固定后即得到DNA 微阵列或芯片。 基因芯片技术 * 点样的方式分两种： 接触式点样，即点样针直接与固相支持物表面接触，将DNA 样品留在固相支持物上； 非接触式点样，即喷点，它是以压电原理将DNA 样品通过毛细管直接喷至固相支持物表面。 基因芯片技术 * 基因芯片技术 * 基因芯片技术 * 基因芯片技术 * 2.样品制备与标记 样品制备 待分析基因在与芯片结合探针杂交之前必需进行分离、扩增及标记。根据样品来源、基因含量及检测方法和分析目的不同，采用的基因分离、扩增及标记方法各异。 制备方法：体外转录、PCR、逆转录等。 基因芯片技术 * 样品标记 待测样品的标记，主要采用荧光分子。 常规标记 通过在扩增过程中加入含有荧光标记的dNTP，荧光标记的单核苷酸分子，在转录和复制过程中，被引入新合成的DNA片段。后者变性后，即可与基因芯片上的微探针阵列进行分子杂交。也可采用末端标记法，直接在引物上标记荧光。即在引物合成时通过应用荧光标记的dNTP制备荧光标记引物，或通过标记生物素，进行荧光标记。 基因芯片技术 * 对于阵列密度较小的基因芯片可以用同位素检测法，采用32P标记技术。 高密度芯片的分析一般采用荧光素标记探针，通过适当内参的设置及对荧光信号强度的标化可对细胞内mRNA 的表达进行定量检测。 基因芯片技术 * 新标记方法 ——多