第七章生物信息学与分子育种摘要.pptVIP

第三节 引物设计 引物设计的原则 ? 首先引物要跟模板紧密结合； 其次引物与引物之间不能有稳定的二聚体或发夹结构存在； 最后引物不能在别的非目的位点引起高效DNA聚合反应(即错配)。 围绕这几条基本原则，设计引物需要考虑诸多因素，如： 引物长度（primer length）， 产物长度（product length）， 序列Tm值 (melting temperature)， ΔG值(internal stability)， 引物二聚体及发夹结构（duplex formation and hairpin）， 错误引发位点（false priming site）， 引物及产物GC含量（composition），有时还要对引物进行修饰，如增加限制酶切点，引进突变等。 引物设计需要考虑的因素 引物设计要点 1. 一般引物的长度为16-23bp，常用的长度为18-21bp，过长或过短都不合适。 2. 引物3’端的碱基一般不用A，因为A在错误引发位点的引发效率相对比较高，而其它三种碱基的错误引发效率相对小一些。 3. 引物的GC含量一般为45-55%，过高或过低都不利于引发反应。上下游引物的GC含量不能相差太大。 4. 引物所对应模板序列的Tm值最好在72℃左右，当然由于模板序列本身的组成决定其Tm值可能偏低或偏高，可根据具体情况灵活运用。 引物设计要点 5.