一种基于分治的三维匹配问题DNA计算算法.pdfVIP

第 期 电 子 学 报 ８ Ｖｏｌ．３８ Ｎｏ．８ 年 月 ２０１０ ８ ＡＣＴＡＥＬＥＣＴＲＯＮＩＣＡＳＩＮＩＣＡ Ａｕｇ． ２０１０ 一种基于分治的三维匹配问题 ＤＮＡ计算算法 ， １ ２ １２ ２ 周 旭 ，李肯立 ，乐光学 ，杨志邦 （ 嘉兴学院数学与信息工程学院，浙江嘉兴 ； 湖南大学计算机间与通信学院，湖南长沙 ） １． ３１４００１２． ４１００８２ 摘 要： 本文基于ＡｌｄｅｍａｎＬｉｐｔｏｎ模型的生物操作与粘贴模型的解空间，提出一种三维匹配问题的ＤＮＡ计算新 模型；同时基于此模型和传统计算机中分治策略，提出一种求解三维匹配问题的 计算新算法 将提出的算法与已 ＤＮＡ ． ｎ ｎ／２ ｎ 有文献结论的对比分析表明：本算法将穷举算法中的 链数从 （ ）减少至 （ ） （ ），同时生物操作 ＤＮＡ Ｏ２ Ｏ２ ≈Ｏ１４１４ ２ 数由 （ ）减少至 （ ），测试试管数由所需的 （）减少至 （），最大链长由 （ ）减少至 （ Ｏｎ Ｏ１５ｎ＋３０ｑ Ｏｎ Ｏ１ Ｏ１５ｎ＋４５ｑ Ｏ１５ｎ／ ）因此，本算法理论上在试管级生化反应条件下能将求解三维匹配问题的规模从 （６７ ２２）提高到 （ ２＋４５ｑ． ６７２ １０ １３４６７ ≈ ）同时，与传统的穷举搜索算法相比，该算法具有高效的空间利用率及容错技术的优点 ×２＝１３４． ． 关键词： 计算；三维匹配问题；分治策略； 完全问题 ＤＮＡ ＮＰ 中图分类号： 文献标识码： 文章编号： （ ） Ｔ１８ Ａ ０３７２２１１２２０１００８１８３１０６ ＡＮｅｗＤＮＡＣｏｍｐｕｔｉｎｇ′ｓＡｌｇｏｒｉｔｈｍｆｏｒ３ＤｉｍｅｎｓｉｏｎａｌＭａｔｃｈｉｎｇＰｒｏｂｌｅｍ ＢａｓｅｄｏｎＤｉｖｉｄｅａｎｄＣｏｎｑｕｅｒＳｔｒａｔｅｇｙ ，